目前最常用的蛋白Marker分为非预染蛋白Marker、预染蛋白Marker。
*非预染蛋白Marke
是几种已知分子量并纯化好的蛋白质预混液。非预染Marker在电泳过程中看不到，电泳结束后经过蛋白染色后才能起指示作用，无法在实验过程中起预示作用。但是由于蛋白没有附带染料分子或者是标记分子，所示大小正好是蛋白原本的大小，所以最准确。
*预染蛋白Marker
是纯化好的几种蛋白，通过与染料共价耦联后混合在一起，在电泳过程中或者转膜时可以直接观察到的一种蛋白Marker。
预染蛋白Marker在电泳过程可以起到预示作用，当观察目标蛋白大小位置进入最佳分辨区时，停止电泳，以得到最佳分辨效果。转膜过程可以监测转膜效率，同时可以在膜上标记蛋白分子量。
但是蛋白分子标记了染料后，由于染料标记效率存在一定的波动，所以各个批次间蛋白Marker大小可能会存在一定的偏移，也就是预染蛋白Marker条带代表的是相对大小，而不是绝对大小。