不像以前的双版本，一般只是根据封面神改改主题，捕捉地点和台词。朱紫双版本的差距可能是有史以来最多的。
原因如下：
第一，开局神兽，意味着开局就会有大量涉及到过去或未来的台词。双版本的剧本差异比前代更大。
第二，悖论种是等同于究极异兽的版本限定，这种版本限定的强力宝可梦数量已经超越了之前的双版本世代。（假如一个游戏里只能捉一只悖论种的话）
第三，博士直接变了。看似玩梗其实前所未有，不同的人就代表不同的台词和概念。而博士是引导玩家做事情的，难道只是形象变了，做的事情是一模一样的吗？肯定不是。所以任务应该也有很大区别。