选购显微镜相机要考虑的因素：
A.样本
样本的性质决定了观察方法。组织染色和涂片样本通常使用明场显微镜检查颜色强度和色调上的差别，未染色样本则需要使用偏正方法观察结构或形状上的异常。在对特定靶点基因的增减和异位观察时，荧光原位杂交（FISH）是一种常用的方法。
B.观察方法：
如果只需要拍摄明场图像，推荐使用高质量彩色相机；如果需要拍摄荧光图像但频率不高，一台高质量彩色相机便可满足需求；单单就荧光图像而言，单色相机的效果会优于彩色相机；如果您的应用同时需要明场和荧光图像，推荐使用两种相机。明场观察需要选择彩色相机，而荧光观察需要选择单色相机，这样才能达到最佳观察效果。
C.显微镜相机接口
C1.在选择接口时，首先需要考虑的就是被测样品的视野大小要求。光学放大倍数是跟视野范围成反比的，即需要较大的视野范围，则选择的接口光学放大倍数相应的减小。通常接口的光学放大倍数有：1X、0.63X、0.5X、0.35X等。
C2.匹配摄像头的芯片靶面：这是很容易被忽略的方面，接口的视场大小是必须与相机的芯片靶面大小匹配的。例如1/2英寸的接口镜头能够支持最大的相机靶面是1/2英寸，匹配大于1/2英寸的相机成像会出现场曲、色差，更甚出现明显分界的黑边。

目前最常见的工业相机接口，有USB、1394、Gige、BNC、camera link等。
显微镜相机并不是分辨率越高，图像质量越高，具体还是要综合考虑，比如像素尺寸、芯片尺寸、动态范围和帧率等因素更为重要。