一直搞不懂

首先用have or had要看时态。整体文章是一般现在时态，可以用一般完成时have done表达过去发生过的事。如果整体是一般过去式，had done表达在过去已经完成了某件事。特殊的是虚拟语句中，主句和从句的时态不一致，具体你要看虚拟形态详解。

been or gone就是意思上的区别，没有什么用法规则的说。
I have 'been' here for long time. 我一直'在'这里很久了。
(Welcome back in China.) How long have you 'been' to England? （我们现在在中国）你在英国'呆了'多久？
Do you know how long she has 'gone' to Hongkong? I am worried about her.
你知道她'去了'香港多久了吗？（她还没回来，真令人担忧）
The dog was crazy. The dog had been crazy for a moment. The cat went crazy too. The cat had gone crazy for the same time as well.

你这不像是来问问题的，搞得像谁欠你的似的不扯这些，难道跟你聊人生谈理想，这样你就懂了？

been是静态动词 go是动态动词 当宾语是地方的时候静态动词是状语 动态动词是直接宾语 本来有很大去别的 反正英语也简化了