常驻反派：
「极暗罪恶巨人·极暗勒维亚坦」
日文名：ダーケスト·リーヴィアタン
英文名：Darkest Leaviathan
身高：52米
体重：40000吨
变身器：嫉妒之环（Envy Ring）+卡片「极暗勒维亚坦」
简介：
本名「利德雷克」，本是一万年前从行星O50的战士之巅上获得力量的宇宙人，在惨败给成为奥特奥后第一次遇到的强大敌人后，失去了与自己同行的伙伴，认为想要守护就必须拥有力量。于是吸收了一些在宇宙中漫无目的漂泊的怪兽亡魂，并且到达「Ultraman Kagaku」中的地球上暗中吸收了一些沉眠的地球本土怪兽。之后利用两批怪兽的灵魂、力量以及自己堕落后的黑暗获得的制造时空裂缝的能力，来到奈克赛斯的宇宙，吸收了黑暗扎基残余的一些力量，成为了极暗勒维亚坦，而被知道他的人们称作「嫉妒的恶魔」或「裂缝的黑暗巨人」。如今潜伏于「Ultraman Kagaku」中独立的这个地球上，进行着「英雄游戏」。
原型：利维坦
招式↓
（暂不透露）

第一章「变故」登场怪兽:
文明裁决者 加拉特隆
身高：61米
体重：61000吨
此号机是被极暗勒维亚坦放出对行星克莱克上的项目进行肃清的个体，实力与第一代等同，在行动中被伽罗奥特曼与卡迦库奥特曼发现，一阵战斗后，被一直在看着的、突然插入战斗的极暗勒维亚坦消灭，化作卡片回到了其手上。

第三章「巨人（上）」、第四章「巨人（下）」登场：
「宇宙神经兽·塞尔纳夫」
日文名：宇宙神経怪獣·セルナフ
英文名：Cellnerve
身高：40米
体重：15000吨
简介：由宇宙辐射照射在某颗不知名星球上的生物遗体上所诞生的怪兽，抽取了大量其他生物的神经细胞，变成了如今的样子。之后作为专门抽取生物神经当养料的怪兽吸附在各个星球的飞船上，前往各个星球寻找拥有神经细胞的生物，之后于某颗蓝色行星上被那里的智慧生命体用导弹消灭，在大部分怪兽中属于较弱的那一档。在Kagaku中，被浑身上下一片黑的男子使用奇特的圆环与卡片召唤出来，在与Kagaku进行了一阵战斗，被其在蓝灯的状态下消灭。顺带一说，这只怪兽必须要在有能扎根的地方，比方说陨石上或土地中，其本身是无法移动的，因此通常大闹一场后会伪装成各种东西让其他生物带领自己脱离。不过这一点，也是一个特别明显的弱点。
原型：神经细胞
招式↓
深红色光束：由似乎是眼睛的主体部位闪烁出一丝红光，后从中发射出深红色的破坏光束。
塞尔纳夫触手：属于其本兽的一部分，但一般隐藏起来，战斗状态下操控其从地中钻出，进行各种可以做到的攻击。