行了，都这么多天了还有人为这事伤心，虽然当时本人是对前翼社搞全灭结局火大。
TE大致剧透如下：（前提条件有二：桐花同意由有坂老师装填她的手枪弹匣；不幸男partrick让少年指导者A无论如何都不要再继续靠武器与外界势力战斗。以这两者为条件的后续剧情）
惠与桐花在前往战斗目的地过程中，路过了被雷纳德神父抛弃的孩子们居住的山区，在排雷过程中惠与其中几位孩子遭遇，意料之外的是孩子们并没有开枪；随后惠见到了被包围的桐花，劝说其放弃自杀无果后，桐花开枪发现了根本没有子弹的现实，打算踩雷自爆也因哑雷失败；在得知孩子们不打算与她们为敌后，两人沿着孩子们指引的道路下山。

正面战场上，大雅接到了前线的撤退命令后，发现克莉丝负伤无法移动，决定独身一人守住阵地等待援军，然而在遭到炮击后昏迷；桐花和惠以及带队的孩子们在行进过程中发现了大雅昏迷且有被TFA杂兵射杀的危险，靠着桐花或惠远距离狙击支援，大雅才得以重新站起来并继续与TFA杂兵苦战；原先受到大雅医治的TFA尖兵乔治在听到其他人要杀大雅的话后，当即杀死了在场的其他TFA成员并主动保护大雅，桐花和惠也与其汇合，克莉丝得救后被桐花和惠送往后方医院救治。

宇川以及稻垣姐妹在得知TFA上层打算放弃基地并引爆大坝诱发洪水将双方战斗人员全数消灭的计划后，通知总部并在此之后找到了负责大坝管理的死宅男，情急之下巧可射杀了宅男，但也破坏了控制爆炸的电脑，宇川和宇川姐妹决心要留下来延缓大坝的爆炸。

真纪担心姐姐玲奈弹药耗尽，就闯进了敌方基地内，与她曾在黑手党手下干活时结下的仇人盖拉遭遇，经过一番死斗后，靠着对自己手枪弹道偏移严重不了解反杀了盖拉，自己也因伤重陷入昏迷，还好大雅带着死神乔治才没死亡，片刻修整后三人一同前往基地深处。

玲奈在弹药耗尽，TFA杂兵众多的情况下依旧靠着抢夺的AK战斗下去；即便黑江命令TFA成员齐射，也靠着牺牲自己的左臂挡下致命伤的不利状况下继续抢夺武器，黑江决定一定要亲自出手除掉玲奈；玲奈自知重伤状态下来自己不是黑江的对手，逃跑过程中遭到黑江的射击，被逼入了教堂内，极为不利的状况下与黑江展开近身格斗，尽管被黑江打得很惨，右眼近乎彻底失明，但仍没有放弃反击；黑江掏出匕首打算了结玲奈，被赶来的真纪等的支援射击打断后撤退，大雅在为玲奈做了应急处理后，掩护其余三人撤退出TFA的基地。

后方医院内学园长设法为玲奈完成了手术，春人与绫芽交谈后向山本要来了自己的新刀，此时手术结束的玲奈，从输液室离开的克莉丝，以及寻找克莉丝的桐花都要求陪同春人再出动，被山本一顿嘲讽后三人都很不满但也没办法，玲奈提议要为春人梳头束发（选项中还有克莉丝，桐花，如果选不束发后面会有邑沙季给春人束发的剧情），在安抚完玲奈自己一定会活着回来后，向学园长表明自己一定要亲自去做个了断后，只身一人闯入TFA基地内。

邑沙季和姐姐悠季同时解除限制与本为同村的忍者焰邑对决，作为忍者的焰邑不但在体术上不输给两人，还释放了神经毒气，让悠季无法维持幻刀状态并乘机挟持住邑沙季；塔纳托斯系统此时通过老式便携电子仪向邑沙季传达了春人前来支援的信息，邑沙季则借此告诫焰邑自己的主人不好惹，之后春人赶到并靠着刀法，体术以及心理上彻底战胜焰邑，并将其打晕后让狗驹姐妹负责将其一并带走。

漆原和佐佐木在逃离TFA基地过程中受到被塔纳托斯系统指引来的CIRS工作员的射击，黑江自己要求留下来拖住敌人；漆原负伤坐电梯逃离，佐佐木则请求塔纳托斯杀死自己，却被对方告知无趣。
黑江在射杀完闯进来的CIRS工作员后，自己也弹药殆尽，留心到了春人一路斩杀TFA杂鱼后留下的血迹，春人也出现打算与黑江做个了断，在先丢弃手上的刀具后，以踢技将黑江的心理打到破防，逼迫其掏出匕首后拔刀抵住，并学了当年碧指导自己剑术时的中二咏唱，成功重伤了黑江；黑江自知无力反击，要求春人杀了她（选可以杀，也可以选不杀，反正很烦人），春人却放黑江离开，在被对方留下一句狠话后，转身去找塔纳托斯系统委托的货物。

失血过多的漆原乘坐的电梯中途停了下来，出现在他面前的是学园长，尽管漆原受伤严重，但学园长却选择不去救他，而是数落其了他的罪行——正义中毒，导致了将不少人卷入其中，到头来自己也并没有得到安心感，漆原到死也没有服输，就在学园长的眼前活活失血死亡；学园长为了碧的死亡而实施的复仇结束，当然也不必继续吸烟，当然乱丢烟蒂的行为还是被野上训斥了。

学园长和野上回到了东边森林的营地，一并回来的还有春人，带回来了塔纳托斯系统的货物——好对手佐佐木。至此除了逃出TFA基地却被困在水中孤岛的宇川一众外，其余的SORD成员——包括圣爱尔的三位见习修女，全员存活。
与此同时，黑江找到了倒在特殊器材室内已死亡的漆原缘，回忆完主人和同事的一次调侃后，在漆原缘的怀中去世。

有坂老师在询问春人善后工作时，被春人告知他们是官方不会有记录的幽灵，所有的工作成果都将转交给一支没有开过一枪的部队；玲奈也告诉老师这就是她们的工作，无需为此在意（所以全灭结局也是为此存在，真的让人没法同意）；大雅为真纪准备好了新的“锁链”——一条新的机械表，之前那条在与复仇的盖拉战斗过程中损坏了；大雅也得到了另外一条猛兽——乔治被容许加入美滨，这让野上倍感头疼；桐花吐槽这次作战的奖金剩下的仅能买下一台电动车，而惠则表示大满足了；邑沙季则抱怨其这次的情报大半都跑了，虽然有恩赦（即作战结束后不愿回去的成员可以留在原地监视生活，获得新身份过上安稳日子），但还是决定跟着春人回美滨。

有坂老师被野上叫去与保健室的新任担当佐佐木正式见面打招呼，并与塔纳托斯系统之间继续着老冤家的斗法，被告知了学园长正在校内的中庭。
在本应种植玫瑰的中庭里，学园长带着第四世代塔纳托斯系统的人形核心——红发婴儿（0164）出现，被有坂吐槽取得名字太过分，并为新生婴儿取名为艾伊斯（与入巢相似，恼），结果学园长还是一如既然的不负责，把婴儿塞给了有坂后就离开了，野上则吐槽了有坂老师的多管闲事，并且告诉她既然接下了就必须好好抚养起来。
有坂老师虽然还是略有难处，但还是下定决心——就算世上不存在绝对平等，作为教育者的她也要为了这个孩子而做点什么，首先不要让这个孩子感到悲伤，为此有坂老师正式有了自己想要为之努力的目标（PS：只是还是很想吐槽一句，这个孩子的发色太像碧了，而且雄二与碧仅仅是一次飙车比赛中的对头，这么搞真的不会引来风见家的反感么？反正怎么又都好啦。）

而在原TFA组织解体的山区森林里，partrick成为了那帮孩子的老师，赋予了他们自己曾经修复绘画时记住的名字，还教会了他们如何生产生活，政府军队留下的二十只鸡（大概是克莉丝的杰作）让他教会了孩子们无需从他人身上剥夺，也能有活下来的资本，等到这群孩子从他那里毕业，也许就有了融入外界社会的可能性。
Partrick知道自己是无力，但唯有教会这群孩子如何生活是自己不得不做的，也是只有自己才能做到的，为了不让任何人再悲伤而祈愿着，独自一人静静的落泪。

至此，灰色幻影扳机终章TE大致剧透完毕。