在不同的区域内，划分不同的洁净等级。比如有微生物污染可能的环节，建议设在10万～30万级这个级别较高的洁净区内。需要注意的是，洁净区内的空气须先经过净化过滤处理，且维持一定的压差。若洁净区等级不同，两个区域之间的压差不小于49Pa.即可，与室外的压差不小于9.8Pa.。洁净区与非洁净区之间还要设缓冲间，实验人员进入洁净区必须经过更衣、风淋。净化系统末级过滤器的性能和安装是保证送风洁净度的关键要点，常规来说，一般选择高效过滤器或亚高效过滤器。效率越高，过滤器的价格也越贵，所以选择过滤器时，最好既满足送风洁净度要求，又符合企业的预算来考虑。
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