食用菌菌种同作物蔬菜的种子一样，是获得高产稳产的内在因素和基础，菌种质量的优劣直接影响到食用菌的产量，甚至关系到栽培的成败。因此，识别、鉴定菌种的优劣就显得十分重要。
　一、看
　　1.看菌种瓶（袋）培养料周围或表面是否有红、黄、黑、绿等异常斑点或片块若存在以上任何一种现象，都说明该菌种已被杂菌侵染（香菇、滑菇等产生色素的品种除外），该菌种不宜再用。
　　2.看菌种瓶（袋）是否被打开过，瓶（袋）外表有无破损凡已打开过或有破损的菌种都有被杂菌污染的可能，所以这样的菌种不宜再当菌种使用，只能用于出菇。
　　3.看菌种瓶（袋）标签上的日期是否过长菌龄过长的菌丝会由营养生长转为生殖生长，若再做菌种接入培养基后，菌丝萌发慢，菌丝质量差，抗杂菌能力减弱。菌种中既有发满瓶（袋）的，又有未发满瓶（袋）的（在同一次制种的前提下），这是由于制种的先后和装料的松紧不一致造成的，是允许的，这种情况说明该菌种的时间还不算长，可以挑选早发满菌丝的瓶（袋）先用。