挑出生豆中的瑕疵时，建议在无光泽的黑色托盘上摊开豆子。像发酵豆或未熟豆颜色会稍微偏黄，使用深色托盘比较容易辨别出来。至於烘豆後的手工分拣作业，为了容易看出烘焙颜色的差异，同样把熟豆摊开在铺了棕色棉布的托盘上，可让分拣更轻松。
将咖啡豆摊开後，即可开始挑出瑕疵豆，不过毫无章法的作业方式只会浪费更多时间。让手工分拣作业更有效率的诀窍，就是先决定作业的优先顺序，思考该从哪种瑕疵豆开始挑起。首先，检查的顺序是颜色>光泽>形状。先剔除颜色明显不同於生豆的异物与黑豆之後，再来就是没有光泽的死豆、发酵豆以及未熟豆，最後则是形状奇怪的贝壳豆、虫蛀豆等瑕疵豆。