on the paper比较合适。相当于写在或者印在纸上。
可以结合其他的词组理解一下。比如说 “write (down) on” {写下}
at the top of 更多来说一个实物在另一个实物上。结合图片大概就是这些：

个人认为at the top of his exam paper是对的，用on就不对了。
用on the top of his exam paper表达的是在试卷的上面（指试卷而地面平行躺在桌子上时）；
而at the top of his exam paper表达的则是在试卷接近顶端处，分数一般都是标在这个这方，所以应用at the top of。