现实世界中真正脑死亡的是成年男主，并且是为了救女主而死。
而女主为了拯救男主，进入阿尔泰拉里的第一层数据世界进行篡改，希望在这个数据世界拯救男主，但计划未能成功，导致第一层数据世界中，男主虽然活了下来，女主却死亡了，故而未能达到100%同调，所以第一层数据世界中男主的意识，无法进入现实世界中男主的身体。
不过，第一层数据世界中的成年男主又搞了出第二层数据世界，也即幼年男主的世界，在把幼年女主的意识转移到第一个数据世界后被反噬，最后主动替幼年男主挡刀，反而完成了和现实世界的同调，意识返回现实世界。
最终的大结局是：
现实世界的成年男主苏醒，而小男主和小女主在新的数据世界里继续存在。