虽然目前关于儿童孤独谱系障碍的发病原因、机制等均无统一的结论，但相关的研究资料指出左脑相对比右脑兴奋性低造成孤独症谱系障碍。重复经颅磁刺激治疗能够提高孤独症谱系障碍皮质兴奋性，依靠神经递质和脑电超慢波频率的对应关系。
在治疗的过程中以患儿脑电α波主频率值作为刺激参数，进行个体化的重复经颅磁刺激治疗，能够在一定程度上改善患儿的症状，且提高了皮质兴奋性，也能够提高大脑皮质局部代谢和局部血液供应能力，对于中枢神经功能起到一定的调节效果，促进儿童神经心理的发育。
临床上对于儿童孤独症谱系障碍的治疗需要进行综合治疗。常规的康复训练联合重复经颅磁刺激治疗，能够在较短的时间内提高患儿社会交往能力，言语能力，减少刻板行为，提高患儿的生活质量。
另外因儿童孤独症谱系障碍的治疗较为漫长，也会对患儿的心理情绪造成一定的影响。为此在治疗的过程中，还需进行心理情绪上的相关护理，这样才能够有效缓解患儿焦虑、抑郁等情况，才更有利于病情的治疗。