河南大学教授王立群在河大“开学第一课”分享《历史视角看瘟疫》时说，甲骨文中有“虫、蛊、疟疾、疾年”这些文字的记载，特别是“疠”字，“就是把疾病的‘病’，里边的甲乙丙丁的‘丙’去掉，换上一个百千万的‘万’。这个字在中国古代文字学中间，是指瘟疫的”。“疠”字还出现在了《尚书》《山海经》《左传》中。
《山海经》卷五《中山经·中次四经》对于瘟疫的描绘有着传奇色彩：“又东二百里，曰太山，上多金玉、桢木。有兽焉，其状如牛而白首， 一目而蛇尾，其名曰蜚，行水则竭，行草则死，见则天下大疫。”根据《汉书》《后汉书》的记载，两汉仅中原地区就爆发瘟疫20次，平均下来，每22年中原就爆发一次瘟疫。
史料上有记载的东汉洛阳瘟疫就有16次之多。洛阳作为帝都，西域东瀛北狄南蛮都会来洛阳朝贡贸易。东汉大疫不断，南阳张仲景著就了《伤寒杂病论》。《伤寒杂病论》中有这样的描述：“余宗族素多，向逾二百，自建安以来，犹未十年，其亡者三分之二，伤寒十居其七。”

建安二十二年(217年)，中原地区再次被一场瘟疫席卷。曹植在《说疫气》这样描述道：“家家有僵尸之痛，室室有号泣之哀。或阖门而殪，或覆族而丧。”曹丕在《与朝歌令吴质书》中难掩悲恸，“昔年疾疫，亲故多离其灾，徐、陈、应、刘，一时俱逝，痛可言邪？昔日游处，行则连舆，止则接席，何曾须臾相失!”
生于巩义的杜甫，幼年母亲去世。开元二年(714年)，杜甫被寄养在位于洛阳的姑母家中。时疫突然横行洛阳，杜甫与表兄双双染病。杜甫奇迹般地痊愈，而姑母的亲生儿子却在瘟疫中不幸死去。
杜甫还曾患间日疟，每隔一天就发作一次。苦不堪言的他作诗道：“三年犹疟疾，一鬼不消亡。隔日搜脂髓，增寒抱雪霜。”在他流落同谷县（今甘肃陇南）时，妻儿也染病，求医无果之际，杜甫汲取泉水煮药给儿子喝，竟然痊愈。

唐高宗永淳元年(682年)，唐朝关中地区爆发大瘟疫，从陕西到洛阳，死于瘟疫的人不可胜数，死者枕籍于路。武则天时期，朝廷还设专使管理疫情的变化。唐朝，还在佛教寺院设立“病坊”用于隔离病人，内有僧人为患者治病。
《水浒传》由瘟疫开篇：“嘉佑三年上春间，天下瘟疫盛行。自江南直至两京，无一处人民不染此症。天下各州各府，雪片也似申奏将来。且说东京城里城外，军民无其大半。开封府主包待制，亲将惠民和济局方，自出俸资……”
汴京开封军队和百姓伤亡大半，开封府尹包拯捐出自己的俸禄，开药救治感染的民众，可惜救治不住，疫情愈演愈烈。事实上，宋仁宗嘉佑三年并无大瘟疫，《水浒传》里的这场瘟疫可以说是作者施耐庵的虚构。施耐庵应该经历过1331年的元末大瘟疫。

汉章帝是东汉第三位皇帝，与其父汉明帝共创“明章之治”，这是东汉最盛期。蹊跷的是，父子二人均猝死。汉明帝寿48岁，还说得过去；汉章帝向来健康，寿仅31岁。
汉章帝开启了东汉皇朝的“短命模式”，接下来的汉和帝刘肇只活了27岁，汉殇帝刘隆8个月，汉安帝刘祜32岁，汉顺帝刘保30岁，汉冲帝刘炳3岁，汉质帝刘缵9岁，汉桓帝刘志36岁，汉灵帝刘宏33岁……
战国时，人们视百岁为寿命极限，中寿为60岁；西汉时，《淮南子》认为“凡人中寿七十岁”，多了10岁；到东汉，《太平经》则提出“人寿八十岁为度，霸寿以六十岁为度，仵寿五十岁为度”，又降了10岁。

在中国历史上，首次被大规模记载在史书上的疾病是发生于东汉时期的大瘟疫。从史书上的各种记载来看，东汉大瘟疫是中国历史上持续时间最长、死亡人数最多的疾病。
东汉大瘟疫一共发生了两次，一次是在光武帝刘秀在位期间，发生了7次大瘟疫，另一次是在汉灵帝时期，发生了5次大瘟疫，之后一直延续到汉献帝时期的整个建安年间。汉灵帝在位仅21年，仅仅汉灵帝一朝，关于瘟疫记载的次数就有5次，而且每次记载的都是“大疫”。
汉灵帝时期平均四年一次大疫，基本上可以理解为持续了，这种大疫基本上可以理解为传染性极强的疾病之外，而且疾病全部发生在一年之中的春季正月到三月之间，大概率就是流感之类的病毒。
要知道在当时可没有抗生素，完全靠中药及病人自身的免疫能力抵抗疾病，而且以汉灵帝那种昏庸的水平，除了前三次记载了派出使者派送医药外，后两次干脆连药也不送了，让百姓听天由命，再加上当时整个国家四处都有战乱，因此而死去的人不计其数。

黄巾起义发生于汉灵帝时期中平元年（184年）。领导起义的张角三兄弟，以宗教的道义，靠着当时全国各地发生瘟疫的情况，利用传道和无偿给人治病，从而聚集了大量的农民。
东汉末年，中国传统医学迎来爆发时期，出现了三大神医，号称建安三神医，分别是张仲景、华佗和董奉。董奉竟没有在史书上留下只言片语，后人主要是从葛洪的《神仙传·董奉》以及地方志有限的零星记载中寻觅他的踪迹。
董奉每次为贫苦百姓看病，从不收取患者的报酬，而是要求被他治愈的患者们在其后院栽种杏树，重病患者栽种5颗，轻症的则栽种1颗。久而久之，董奉献所居之处便形成了一片茂盛的杏林，而等到杏子成熟之际，董奉便在杏林建好谷仓，贴上告示。告诉大家，想要买杏的话不需要付钱，只需将一升谷子倾倒入谷仓中即可，然后自己去摘取一筐杏子带走。

而董奉则用这些用杏子换来的粮食来救济周边的贫苦百姓和病人，据说每年因此而受到救济的贫苦百姓有两三万人。后来人们为了对董奉的德行表示感恩，便在董奉的家门口挂了一幅“杏林春暖”的牌匾，这便是最早的“杏林”由来，从此，杏林二字便成为了称赞医生美德时的专用词。
等到董奉去世后，当地的老百姓为了纪念董奉，就在杏林中设坛祭祀，并在董奉故居修建了杏坛。明代名医郭东也效仿董奉，在自己所居住的山脚下种了千余株杏树，并将病人赠送的东西接济穷苦百姓。
庐山有董奉居住的杏林草堂“董奉馆”、杏坛庵、伏虎庵。祖籍地福州有一座以董奉命名的山“董奉山”， 清乾隆《福州府志》按语：“福山，今名董峰山。”杏林一词渐渐成为医疗行业的专用名词，人们用“杏林春暖”、“誉满杏林”、“杏林春风”这等来赞美高尚医风医德的医生。

【宋】陈师韩：
院宇萧萧锁暮烟，昔人曾见此升仙。
静看今日流渠水，应是当年炼药泉。
【明】李时勉：
山边种树绕林垌，几处曾看此独名。
花近药栏春雨霁，阴浮苔径午风清。
岩前虎卧云长满，树底人来鸟不惊。
遗迹尚存仙路杏，只应怀古独含情。

《三国志·武帝纪》记载发生于赤壁之战时的瘟疫：公至赤壁，与备战，不利。于是大疫，吏士多死者，乃引军还。《三国志·蒋济传》中也能印证曹操的军队当时感染了大规模的传染病：
建安十三年，孙权率众围合肥。时大军征荆州，遇疾疫，唯张遣将军张喜单将千骑，过领汝南兵以解围。建安十三年就是赤壁之战发生的208年，当时孙权攻合肥，曹操从荆州派出将军张喜率领一千人救援合肥，结果连这一千人也感染了瘟疫。
东汉在157年曾经进行过人口普查，全国总人口是5600多万人。到220年前后，整个国家全部人口加起来不到800万人，人口减少了七分之六，损失人口合计4800万。

曹冲死于208年，年仅13岁；郭嘉死于207年，时年38年；周瑜死于210年，时年36年；鲁肃死于217年，时年45年；吕蒙死于220年，时年41岁；法正死于220年，时年45岁。
《三国演义》载：“中平元年正月内，疫气流行，张角散施符水，为人治病。”《资治通鉴》记载，在赤壁之战前，周瑜即对孙权说道：“操舍鞍马，使舟楫，与吴越争衡。今又盛寒，马无草，驱中国士众远涉江湖之间，不习水土，必生疾病。”
至战斗将打响之时，果不其然曹军中的疫情已经蔓延开来：“时曹军众，已有疾疫。初一交战，操军不利，引次江北”，即由于曹军中瘟疫蔓延，导致初战不利，退回长江以北。