本贴以动画播放顺序整理，时期划分比较主观。
废话不多说，下面开始。

印象比较深的有银杏色的初恋，镇楼和樱花班

第一阶段：几乎无规律的乱序漫改（大都会暗号地图事件-图书馆杀人事件）

动画开播的前三个系列与漫画完全一致，前两个事件让工藤变小并住进事务所，偶像密室则是“沉睡的小五郎”首秀，柯南的探案生涯就此开始。这之后，动画组决定提前侦探团的出场没有任何问题，至于为什么是大都会而非鬼屋就不得而知了。然后，动画开始了乱序漫改，简单说几个比较重要的事件：
提前8个系列的月光篇：没有问题。以月光的重要性来说，这个事件在原作的连载顺序有些靠后。另外在动画播出的前不久，原作连载了体现此案件重要性的第一个事件——外交官杀人事件，不知二者是否相关。
拖后10个系列的豪华客轮篇：可能是因为动画组一开始打算一话完结故事，一时没办法处理。这个系列紧接着就是柯南动画的第一次3改2——小五郎同学会杀人事件。
拖后11个系列的卡拉OK篇：显而易见，是与圣诞节的时间尽可能吻合，可惜的是这么一来，其与山庄绷带之间就插了6集，没体现二者的联系。当然，此时的动画组想着做纯单元剧，从另外两集“黑历史”也能看出来。

第二阶段：跟随原作进度的小幅度乱序漫改（雾天狗传说杀人事件-与黑衣组织的再会）
外交官后，原作在动画化之前的案件只剩下暗夜男爵未漫改，而动画收视率一路上升，青山也因为电影化而做好了长期连载的打算。种种原因导致动画也必须随着漫画一路播放下去了。显而易见的标志就是紧接着的雾天狗和游戏公司不再忌讳组织，而漫改的顺序自然也不像上一个阶段那么夸张，但混乱的情况依然未变。没有连续两个系列以上的漫改顺序与原作吻合。

拖后14个系列的暗夜男爵：补完未漫改的上一阶段遗留产物。
提前7个系列的柯南VS怪盗基德：漫画连载后不到半年就播放动画了，几乎可以确定动画制作是紧接着漫画的，这或许是青山的想法。
拖后5个系列的走投无路的名侦探系列：2小时SP的档期问题？
灰原出场、竞技场、蓝色古堡与最后上映：原作中分散的灰原相关事件被动画连起来了，中间只插了魔术爱好者和一集原创（也有灰原出场），加强人物塑造效果的操作无可非议。
拖后34个系列的月亮 星星与太阳的秘密：蜜汁操作，这个故事在灰原出场前后好像没什么致命影响。既然如此，寻找玛丽亚时可以将错就错，把博士的台词改成灰原不愿意来也无妨。

第三阶段：基本遵循原作，偶有混乱的时期（危命的复活-侦探团VS强盗团）
上一阶段结束后，危命篇之前的漫画全部动画化，而从危命篇开始到本厅3的6个事件史无前例地完全吻合漫画连载顺序，实在是可喜可贺。不过接下来由于各种原因，动画仍会出现漫改顺序混乱的情况。

Ⅰ，黄金之馆前后的小规模漫改顺序混乱

这次混乱的一大原因是2001年初的2小时SP选择了黄金之馆篇。个人感觉之前的服部静华初登场+人鱼篇合起来更加合适，不知动画这么做是因为魔快漫画还是动画组知道了这集的重要程度。
另一原因是茱蒂的初登场推迟了5个系列，至于原因是找茱蒂声优或是有意与赤井的初登场时间贴近还是其他，不得而知。

辛苦了

dd

我以前多年都是只看动画的，没看过漫画，我是2020年底才开始买漫画看漫画的，最近几个月刚好把漫画对比着动画一起按顺序看了一遍
结果就发现这动画的顺序20多年真的是一直都很混乱，偶尔一两次改个顺序也就算了，20多年一直在改顺序，完全无法理解这是为什么
直到近两年，因为动画组一年也没做几集漫改，这顺序才终于正常了。从妃英里绑架事件开始，到最新的京极真事件，终于是顺序正常了。
但是后面到底能不能一直这样坚持按照漫画顺序做，还是不一定啊。我记得动画组特别喜欢把漫画剧情中的季节时间来对应现实中的季节时间。京极真事件后，按漫画顺序，下一个应该是雪山山庄了，可是冬天刚过去，动画组会在夏天出雪山山庄这种明显冬天的剧情吗？搞不好先出野菜案，后出雪山山庄了。当然还有可能一直都是原创，拿原创加重映一直拖到11月的冬天去，年底出一次雪山山庄，然后这一年就过去了。结果2021年又是只出了2个案件的新漫改。。。

（度娘你再吃我回复试试）

LZ看完1001回来了
Ⅱ，2002年的漫改顺序变动

年初的2小时SP导致大坂双谜拖后了3个系列播放，加长版特别篇一直是漫改顺序混乱的一大主要原因。而幽灵屋提前了4个系列，原因不明。

Ⅲ，几大特别篇引发的佐藤前期漫改混乱

2004年初的2.5小时特别篇与之前不同，作为贝尔摩德篇的结尾，还需要多个案件作为铺垫，因此，佐藤真人升任导演后就直接跳过了小小的委托人、本厅5和银杏篇让中间的5个铺垫回来得及播放，这3个篇章最终分别在9、10和23个系列后补上，影响最大的是削弱了TV304与本厅5的联系。
2004年中的基德空中漫步提前了5个系列，影响不大；影响比较大的是年末的2小时甲子园（冬天打甲子园也算奇观了）拖后了4个系列，以及拖后5个系列的本厅6。其结果就是原作从沉默的航线开始4个系列一气呵成讲述BOSS邮箱的探索和结果的过程被拆散了，观感下降不少。

Ⅳ 佐藤后期，漫改混乱依旧

平新滑雪场推理对决直接拖后了22个系列，一方面是与冬天气氛吻合，另一方面巧妙地与红黑篇联系了起来，改得还行。
虚假婚礼与试映会调换了顺序，是为了与之后“颠倒的结局”相呼应吗？总之特别篇导致漫改顺序变化已经是常态了。
从基德与四幅名画拖后4个系列开始，动画漫改顺序又退回到第二阶段处处混乱的情况，一系列特别篇和凑齐14集的红与黑是主要原因。虽然此时处于基尔篇高潮的前夕，但这次顺序调整并没有对观感造成太大负面影响，把红黑篇多凑了4集更是鬼才（褒义）操作。不过最后漏了集逃亡者未漫改，这是后话。