公元1368年，明朝开国。改衡州路为衡州府，直属于湖广行省（治地武昌，今武汉市武昌区）。衡州府辖衡阳、衡山、耒阳、常宁、安仁、酃县（今炎陵）、临武、蓝山、嘉禾等9县和桂阳州。
清康熙三年（公元1664年）分为湖南、湖北两省。置衡永郴道，衡州府属于湖南衡永郴道。道府均治衡阳县
1676年，吴三桂在衡阳称帝，国号周。衡州府改称应天府，为周国都。
康熙二十年（1681年），周亡复名衡州府。仍属于湖南衡永郴道。
民国三年（1914年），改衡永郴桂道为衡阳道，废衡州府为衡阳县，道治所在衡阳县，衡州府存在546年。
