袁崇焕杀了毛文龙，尚可喜为毛帅报仇，屠了广州，联耿继茂屠东莞，也为毛帅出了一口恶气，大仇不报，非君子。
这导致东江将士悲愤情绪没有得到足够抚慰，反不断郁积。
耿仲明、孔有德等人叛乱重要原因就是毛文龙被冤杀造成的愤懑心理以及对继续留在明军内前途的悲观失望。东江遗事的《耿靖南传》中说
“仲明顾有德叹曰：‘大将军（即毛文龙）要合义旅，跋涉荒陬，出万死以复疆宇，而卒以冤死。我与尔直若几上肉耳，可郁郁久居此乎？’有德然之，遂率兵归本朝”（ 东江遗事.卷下.耿靖南传）
《孔定南传》中说：
“及文龙为袁崇焕所杀，调往山东孙元化麾下，……，兵饷不以时至，众军皆哗，有德叹曰‘大将军功名卓卓，犹且不免，我辈死固晚矣，时事如此，尚可为耶！’”（ 东江遗事.卷下.孔定南传/）
总之他们的意思就是，毛文龙这样舍生忘死，白手起家，立下功劳无数，结果落了个无辜被杀的下场，那我们继续在明朝这边干下去，还有什么指望？还是投靠后金算了。
正如前面引用过陆云龙的慨叹：
“尝闻东江辽兵最耐苦，持炒一升，可支十许日，昼伏夜行，卧草餐霜，能出不意杀人擒人，皆一班可用之士。今其士固在也，谁其用之？谁其用之？！”
看了这些事实，不仅让人慨叹，袁崇焕虽凌迟，又何足以赎其罪？