有研究者做核酸适配体的应用,直接把做抗体的方法搬过来。发现有问题,开始吐槽适配体不好。在这里,不是要为核酸适配体辩护什么,更不是要为我们的适配体辩护什么。是想客观地分析大家可能碰到的问题,然后再想想如何解决?
核酸适配体和抗体是完全不同的分子,所以在应用上也有一些差异,直接去照搬抗体的应用方法,绝大多数情况下是不可以的,原因是什么?
要解释这种现象,需要从分子识别的本质上来做一个分析。
不管是抗体识别抗原,还是核酸适配体识别它的靶标,其实都是基于分子之间的相互作用。而这种相互作用力,主要是基于静电相互作用,氢键,疏水相互作用等等这样一些作用力。而这些相互作用力的形成,其实要依赖于分子的正确折叠。譬如,把抗体加热一下,就不能够识别抗原了,尽管这个分子还是那些原子,但它结构发生了变化。核酸适配体与靶标的识别也是一样的,尽管它的序列不太容易发生变化,但是在不同的情况下,它可能会折叠成不同的结构。不同的结构就会应影响适配体与靶标的识别。如果核酸适配体折叠成不同的结构,那么,他就可能会无法识别靶标。有了这样一些基础认识,我们就可以来分析我们碰到的一些实验现象。
像用抗体去做ELISA的话,一般直接把一个抗体铺板,然后加上样品捕获抗原,再加第2个抗体做夹心,这种方法是很成熟的。但是,如果是核酸适配体的话,你把没有修饰的核酸适配体直接铺板,绝大多数情况下适配体没法发挥识别作用。
原因是什么呢?就是因为核酸适配体结合到表面之后,它的构象会发生改变,而这种变化就会导致它不能够再像在溶液中一样正确识别靶标分子。所以,这样去开发检测方法,我认为99%是不会成功的。我觉得用捕获的方法应该更好,SA铺板捕获biotin修饰的aptamer。
核酸适配体它有一些特殊的地方,由于它是核苷酸,它的结构的柔性比蛋白质更大,更容易发生结构的变化。
所有做生物大分子结构的科学家都知道,核酸分子很难结晶,为啥?即便每个分子式都一样,折叠后也可能各不相同。
而蛋白质则不同,相对来说,抗体的结构要更稳定一些。
这种结构稳定性上的差异,是我们在使用适配体时必须时刻考虑的因素。
另外还有一点,核酸适配体分子相对比较小,这对它保持刚性的折叠也是不利的。抗体其实也一样,这就是为什么抗体的可变区(识别区)挺小,但还要在尾部带上那么大一坨的原因。后面那一部分其实有利于稳定抗体可变区的结构。
我们在把核酸适配体做截短的时候,像特别是这次的S蛋白截短。例如我们截短到二十几个碱基,但是如果在两边加上2个或者减去2个就会对结合产生明显影响,所以每一个核酸适配体的应用,也需要做相应的方法开发。
为什么这次S蛋白的核酸适配体,我们截断之后,我们特别标注说明了一下标记荧光素或者生物素不影响它的结合,因为我们测试过。但是有的核酸适配体你直接把末端标上一个基团,有可能就不能结合了,所以这点大家务必要注意。
大家在使用核酸适配体的时候,就一定要记住分子间的识别是和分子结构、分子折叠密切相关的。所以当你碰到问题的时候,可以多去想想它是不是影响了结构。譬如说我们用不同的缓冲液去溶解核酸适配体,在不同的缓冲液中,pH值不同,金属离子不同都可能会影响它的折叠,表现出来的性质可能也会有很大的差异。这些都是需要去考虑的。
也就是说,你在做核酸适配体的应用实验时,一定要把这个结构的折叠始终放在心上,始终要去考虑它有没有变化。
另外,我还想再说一点,我非常欢迎大家和我们交流自己实验中碰到的问题,特别是心冠状病毒N蛋白和S蛋白适配体在应用过程中碰到了问题。交流可以减少不必要的摸索。
我相信大家应该会了解并相信,我是非常开放的,而且我也非常希望看到我们筛选的核酸适配体能够走向应用,所以热情欢迎大家和我交流。
有人曾经问过我,为什么愿意把很多的技术,甚至是技术秘密无偿分享给大家。
我记得当时的回答,也适合我现在的心情。
别人的实验失败1000次,也无助于我的成功。
但我的分享有可能能够帮助大家减少990次无谓的摸索。
作为一个核酸适配体领域的研究者,我更希望看到核酸适配体能够走向更广阔的应用空间,只有这样,我们所有的努力才是有价值的。
如果aptamer注定没有前途,我们每一位为此努力的人,都是在浪费自己的生命。
如果你想开展核酸适配体相关的研究,欢迎和我们合作或联系!
我们计划优选10个团队合作开展不同的应用研究。
看看这里的适配体,也是一种支持:
https://www.aptamy.com/ProductInfo/1448776.html#
对于签约合作单位,我们承诺更全面的实验数据。
更多咨询关注微: aptamerHF
核酸适配体和抗体是完全不同的分子,所以在应用上也有一些差异,直接去照搬抗体的应用方法,绝大多数情况下是不可以的,原因是什么?
要解释这种现象,需要从分子识别的本质上来做一个分析。
不管是抗体识别抗原,还是核酸适配体识别它的靶标,其实都是基于分子之间的相互作用。而这种相互作用力,主要是基于静电相互作用,氢键,疏水相互作用等等这样一些作用力。而这些相互作用力的形成,其实要依赖于分子的正确折叠。譬如,把抗体加热一下,就不能够识别抗原了,尽管这个分子还是那些原子,但它结构发生了变化。核酸适配体与靶标的识别也是一样的,尽管它的序列不太容易发生变化,但是在不同的情况下,它可能会折叠成不同的结构。不同的结构就会应影响适配体与靶标的识别。如果核酸适配体折叠成不同的结构,那么,他就可能会无法识别靶标。有了这样一些基础认识,我们就可以来分析我们碰到的一些实验现象。
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而蛋白质则不同,相对来说,抗体的结构要更稳定一些。
这种结构稳定性上的差异,是我们在使用适配体时必须时刻考虑的因素。
另外还有一点,核酸适配体分子相对比较小,这对它保持刚性的折叠也是不利的。抗体其实也一样,这就是为什么抗体的可变区(识别区)挺小,但还要在尾部带上那么大一坨的原因。后面那一部分其实有利于稳定抗体可变区的结构。
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作为一个核酸适配体领域的研究者,我更希望看到核酸适配体能够走向更广阔的应用空间,只有这样,我们所有的努力才是有价值的。
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