远古时期一颗陨石撞击了地球，造成了大规模的物种灭绝，仅有少数存活至今或者形成了化石
第二次发生在公元2002年，大量一二代宝可梦因为不可抗力因素而灭绝，在丰缘地区尤其严重.
而就在公元2019年6月12号，某个邪恶的组织决定亲手进行宝可梦大屠杀，幸存者寥寥无几，引起宝可梦世界动荡不安，大量难民逃往伽勒尔地区避难，仅有少数成功上岸，由于不堪重负伽勒尔地区人民不得不脱宝（galaxit）将国门关上.
由于各地区神兽也惨遭不测，卡洛斯和丰缘地区失去了mega的力量，mega石失去了力量，阿罗拉岛屿神的消失，Z力量也随之而去，尤其是神奥地区的空间二神，在伽勒尔地区出现了空间时空扭曲现象，造成了极巨化现象，当地人民开始研究该现象，而我们的主角也即将踏上他们的旅程去探索这一切.