白巳津川(しろみつがわ)市，唯一的特色也就仅仅只有作为学园都市这点了。
升级后不久，主人公周遭发生了变化。
由于大地震，神社中祭祀白蛇九十九的神器破损，来源于异世界的不可思议的装饰品“アーティファクト”（Artifact）流入了这个世界。
发生了使用超出人类认知范畴的力量，将人石化的事件。
深知石化事件的犯人就是持有“魔眼アーティファクト”之人，主人公“新海翔”和同班同学“九条都”以及妹妹“新海天”一起开始了对连续石化事件的调查。
在调查中，和自称「リグ、ヴェーダ」的アーティファクト使用者组织发生了冲突。
而在「リグ?ヴェーダ」的成员中，竟然发现了学园前辈“香坂 春風”的身影。
魔眼所有者的真实身份。ソフィーティア的秘密。
秒回异能觉醒的少男少女的故事终于渐入佳境。