最终,条顿骑士团不负众望,征服了库尔兰地区的普鲁士人。自此,条顿骑士团便在波罗的海地区扎下了根,又经五十余年的血腥征服,而成为了波罗的海地区的一个强大政权--骑士团国。随着德意志***益增多,当地的普鲁士人也就渐渐地日耳曼化。而骑士团国,在法理上仍属波兰,并不属于德意志。
而条顿骑士团的第37任大团长(掌权者)阿尔布雷希特,为德意志的勃兰登堡藩侯--腓特烈二世(霍亨索伦家族)第三子。阿尔布雷希特在宗教改革者马丁·路德的帮助下,将条顿骑士团变成自己家族的世袭公国(骑士团名义上直属罗马教廷,但事实上又为波兰附庸。而依天主教的教规,骑士团成员不得成婚),即普鲁士公国。
1618年,普鲁士公国因无子嗣继承,改由霍亨索伦家族的长支--勃兰登堡公国兼任,而成立了勃兰登堡-普鲁士公国(共主联邦,如英格兰与苏格兰)。此后,勃兰登堡-普鲁士公国又在大选帝侯弗里德里希·威廉的一系列武力征服下,扩大了公国的实力与版图,并迫使波兰放弃对普鲁士公国的宗主权。