金丝雀蛋虽为受精卵，仍有一些卵没有孵出雏鸟，造成种蛋胚胎死亡。经观察其原因有先天的、营养性的、 病理性的、还有外界繁殖条件造成的。
胚胎前期：l一7天死亡的胚胎。主要原因是种蛋小或是弱精蛋，这与种鸟的营养水平、健康状况不良有关。或因种蛋保存不当，储存期超过一周以上。
胚胎中期：7—10天左右死亡的胚胎。主要原因是饲料中缺乏维生素B2、维生素D或种蛋受细菌感染。保姆鸟抱窝不稳及环境温度过低。
胚胎后期：10—14天以后死亡即未啄壳或已啄壳未出壳而死亡。主要原因是种蛋缺钙和钰、喙部软骨畸型或因胎位不正出壳困难等。后期弃卵不孵有关。这种弃种卵不孵的现象常在金丝雀又产新卵及雄鸟发情交配的情况发生。
其他原因，1.母鸟母性不强，经验不足，这种情况一般发生在初次产卵的雌鸟身上，芙蓉鸟一般都是母鸟孵化，公鸟一般只负责给母鸟转食和保卫巢穴。年轻的雌鸟因为没有经验一般会出现这种情况，但是第二窝开始一般会顺利孵化了。个别老雌鸟在每年第一窝孵化时也有可能出现这种情况。2.鸟巢原因。芙蓉鸟鸟巢一般为无顶的敞口型，口部要宽阔，便于母鸟观察外界，底部坡度要够，利于聚蛋（非常重要），巢底铺垫柔软舒适的麻刀，碎纸，羽毛，干草等等，多少适宜？以不影响聚蛋，又能保持亲鸟舒适即可。3.大鸟习性，有些胆小的亲鸟对人很惊恐，遇到人或者猫狗等宠物靠近就会弃巢，长时间或经常离巢会导致受精卵停止发育，成为死蛋或叫水蛋。注意在非繁殖期多与亲鸟接触，多陪陪它们，让他们跟主人保持近亲。繁殖季节除喂食之外尽量不要打扰，必要时在笼顶遮盖一下，让鸟有个安全的环境。繁殖季节切记不能动鸟笼，出鸟后十日内不要去给鸟笼打扫卫生，防止弃巢。养鸟大忌就是不能有其他宠物互相影响。4.蚊虫叮咬，要在非繁殖期加强鸟笼的卫生管理，防止滋生寄生虫，特别是鸟虱，繁殖期可在白天在鸟笼喷施一些杀虫剂。但是要控制用药含量。
— 芙蓉飞扬