路德维希并非像传闻说的那样，荒废朝政。实际上，他虽然常不在慕尼黑宫廷，但直到执政的最后都非常仔细的处理公务。他通过内阁秘书和内阁部长们联络，带有国王亲笔签名并包含了注释或建议的文件会定期传递给内阁。
让巴伐利亚的内阁不能容忍的是，路德维希不仅从未放弃过最重要的人员任命或赦免权，还大力推行一项普鲁士模式的为大多数职业提供居留权的工商业管理条例。这项改革会触动很多贵族的特权。
在财政部长要求国王不要继续修建宫殿和其他部长对改革提出异议时，路德维希冲动的表示，要废除内阁部长们，来个大换血。这下激怒了巴伐利亚的内阁成员和很多贵族，于是他们联合起来，密谋废黜国王。

首先，谋反派要找到一个适合的人替代国王。他们联系了路德维希的亲叔叔路特波德亲王，请求他在国王下台后出任摄政王。亲王答应了。
接着，谋反派要找到一个罢黜理由。这个理由不难找，就说路德维希疯了，无法理政。
如果在一个人人都身心健康的家庭，这个理由可能太牵强。可放到巴伐利亚皇族维特尔斯巴赫家就太正常了。路德维希和茜茜父母都出自该家族，过度的近亲繁衍，近几代人都无法摆脱家族遗传的精神疾病。
路德维希的亲弟弟奥拓，也是王位继承人，在参加了普法战争后，就出现越来越严重的精神病症状。此时已完全不能见人，神智不清的被养在深宫。

（路德维希的弟弟奥托）

茜茜的爷爷就是重度精神病，去世前几年被关在专门为其建造的精神病院，避世而居。茜茜的姊妹弟弟都有不同程度的精神异常。茜茜自己的一生不时受抑郁症困扰，姐姐Néné是重度忧郁症加心力衰竭而死，两位嫁入波旁王朝-西西里皇族的妹妹玛丽索菲和Mathilde中年后都患抑郁躁狂症，最小的弟弟Emanuel体弱兼抑郁， 43岁就胃溃疡大出血早逝。

（茜茜的妹妹玛丽索菲，西西里王后）

（茜茜的妹妹Mathilde，西西里亲王妃（与姐姐玛丽索菲嫁给波旁王朝-两西西里王族的兄弟俩））

（茜茜最小的弟弟Emanuel公爵）

从1886年1-3月，谋反派开始准备“证明”路德维希精神不正常的医学诊断报告。他们威逼利诱国王的随从和官员，搜集了很多路德维希“异于常人”的言行，如病态的害羞，精神不集中懒于理政，冬天穿夏装，夏天着冬衣，无节制的花钱盖宫殿，没事儿就神经质的差遣侍从到欧洲各处看别人宫殿雕栏的细节。
最后，由负责治疗路德维希弟弟奥拓精神病的医生古登在诊断书上签字，确诊国王患“妄想型精神病”，已完全丧失理政能力。但这位古登医生12年来从未见过路德维希。

在普奥普法战争后，巴伐利亚已失去了独立地位，被归入普鲁士为首的德意志帝国。虽然有很大的自治权，但依然受在柏林的普鲁士国王威廉一世的统治。而普鲁士的朝政大都由铁血宰相俾斯麦决定。
当这份精神病诊断呈到俾斯麦的桌前时，他一眼就看出巴伐利亚内阁的用心，说：“这是内阁部长们要牺牲国王来保全他们自己。”他不同意这种激进的废帝行为，建议缓些时间找个折中的法子。

可巴伐利亚的谋反派是不会错失时机的。1886年6月10日凌晨4点，谋反派带领军队来到路德维希所在的新天鹅堡，宣读了废帝文告，并立即对路德维希就地软禁。
同日早晨，内阁宣布，路德维希二世因为精神失常无法理政，由路特波德亲王任摄政王，总揽朝政。
路德维希的嫡系忠臣和俾斯麦都劝国王，要不政治避难暂时离开巴伐利亚，或是连夜前往慕尼黑，次日清晨在公众面前露面，拆穿他无法理政的谎言，重塑公众对国王的信心。

路德维希是非常受臣民拥戴的，因为他亲民又顾及农工商等普通人的利益。他出访都是随意的走到乡野田间，和农夫驻足聊天。
不知为什么路德维希没有采纳这些建议，而是急招他的近臣，起草了一封诏书，要求于1886年6月11日发布在报纸上，内容如下：
路特波德亲王在违背我意愿的情况下擅自摄政。我的大臣们用我健康状况的虚假报告，欺骗我的子民。对于他们的谋逆行为，我需要每个忠诚的巴伐利亚臣民的帮助，瓦解他们篡权叛国的计划...

可这段话在班贝格的一份报纸上刊出后，立即被谋反派控制的政府截获，并禁止其发行。路德维希给其它报纸和朋友发的电报也大都被截获。
这时，路德维希才惊觉自己低估了谋反派，想走，为时已晚。
谋反派无法容忍路德维希的“不老实”，于12日凌晨派一支宪兵部队抵达新天鹅堡，把他抓了起来，转送到慕尼黑南郊贝尔格的一座城堡中监禁。这座城堡就在路德维希和茜茜最爱的施塔恩贝格湖湖畔。

路德维希问押送他的古登医生：“你怎么能空口无凭的说我精神失常呢？毕竟你从未诊断过我。”
古登医生，作为当时巴伐利亚的精神病学权威，答道：“诊断有必要吗？我们搜集的信息已经足够说明你有精神病了。不，远远超过‘足够’。”
次日傍晚6点左右，路德维希要求古登医生单独陪他离开城堡散步。他们原订晚上8点返回，可完全不见踪影。城堡中人全体出动搜寻，当时大雨磅礴，直到晚上10：30，路德维希和古登医生的遗体才在湖边浅滩被发现。

路德维希的死，官方说法是投河自尽，其遗体行国葬安葬于慕尼黑的米迦勒教堂。但真正死因至今是个谜。
首先，路德维希的验尸报告中，肺部没有进水。况且他是一个游泳健将，怎么会在齐胸的浅滩溺水身亡呢？还有，他在此之前从未流露出任何厌世自杀的倾向。
古登医生的尸检报告显示，他被重击头部，颈部有勒痕，是被袭击后才入水的。是否路德维希想逃走，和医生发生了厮打？路德维希身材高大，身高1米93 ，从小接受帝王的军事训练，收拾医生应该不成问题，不过这无法被证实。