B线9S去支援2B的时候鬼影。。

也就是大佬说的

这样就说的通了，在保护舰队的时候巨大机器人的EMP攻击9S被俘虏后就已经被侵入了，如果用另外的词来说就是寄生，潜伏差不多的意思（因为病毒是直接进行干扰才会被发现，而如果什么都不做的话，就无法发现？PS：就和电脑中一样，你下载了木马，但是你不点开它，它没运行的话，它是无害的。而至于查毒。。那也是有了第一个小白鼠中了招后才会更新软件。。参考2000年的千年虫），后门确实是有，但是机器人他们没有飞进宇宙的飞行器。。所以9S就是他们入侵的重要契机，而黑影也就是对9S的特别注意吧。。因为必定会进化。。从某个角度来说，和安卓们是一样，通过不断战斗进化。
还有后门的问题，开放后门好像只是这一代寄叶部队，而以前的是人造人部队，而非寄叶部队，因为在某个时间去地堡和一个通讯官对话你会发现“我们通讯员和你们不同，不会消除记忆，无论发生任何事情，我们都会记住”
也就是说地面上那么多的尸体大部分都是人造人，而非寄叶部队的人造人。

而至于那个影子就是这个红衣小姐姐（小哥哥？）（看过了三周目就知道名字了）

正常情况下防空是到21%任务就结束了，但如果过桥前先黑一个小机器人再过桥黑大机器人降到0%后可以在地堡的21O房间床上拿奖励

病毒入侵再吃上一堆电子药画面很喜感
不过结尾的话制作组的恶意依然存在。。因为只是寄叶部队销毁，而非人造人灭亡。。也就是说。。可能没有三代。。也可能有三代呢