第一次机会：清军主力两路夹击闯军
清军入关后，多尔衮本想分兵两路进攻大顺和南明，但是闯军发动怀庆战役，使清军改变策略，南路改道夹击闯军。当时闯军西撤，山东和河南大部权力真空。顾诚教授认为南明决策人物弘光帝、马士英、史可法目光短浅，幻想借虏平寇，畏清如虎，惟恐出兵北上触怒清廷，引火烧身，按兵不动，结果错失了趁清军主力西进，华北兵力空虚之际北伐收复国土的机会。
当时李自成退守陕西，清军南北两路夹击潼关、西安，李自成不敌，率主力（东路）南撤。驻防陕北的另一支闯军主力（西路）经四川南撤，后改编为忠贞营继续抗清。当时清军在北直隶、山东、河南的兵力相当有限，弘光政权没有趁“建州精骑尽往征闯，北直、山东一带皆单虚”的机会北伐。
李自成南撤的方向是从陕西到河南到湖北再往东，顾诚教授分析李自成是想袭取江南。结果北路清军追击闯军，闯军一路往东，左良玉避战东下，左良玉的儿子降清。北路清军从南路东进安徽，南路清军从中路取道河南东进江苏，山东的清军从北路南下，江北四镇有三镇降清，南直隶失陷，弘光朝灭亡。
第二次机会：潞王在杭州监国
弘光朝依笼络藩镇而立，又以藩镇叛降而亡。东林党原先谋立的潞王在杭州监国，本可守卫浙江，这样日后唐王、鲁王的内斗就不会发生。但是潞王几乎不战而降，浙江大部失陷。
第三次机会：唐王建隆武政权
隆武帝可以说是南明诸帝中最能干的一位，但是身居福建，受拥立他的郑芝龙、郑鸿逵等郑氏集团挟制，难以施展抱负。隆武帝有恢复大志，但是在错误的地点选择了错误的人。清军进攻江西，江西特别是南部的赣州东连福建，西连湖南，南接广东，战略位置非常重要。隆武帝希望移驻赣州，但是遭到郑芝龙反对，湖南的何腾蛟也不真心支持。郑芝龙和何腾蛟都把本集团利益居于朝廷利益之上，不积极援救江西，坐食内地，毫无作为，至使江西失陷。
从隆武朝开始，南明把战略从“平寇”改为“御虏”，并逐渐和闯军（大顺军）、献军（大西军）余部联合。郑芝龙兄弟跋扈自雄，私下和清军议和，密令仙霞关守军撤退，并谎称海盗进犯家乡，领军南撤，不久之后隆武帝被清军所杀。之前在浙东抗清的鲁监国也战败航海。东林党人对史可法、何腾蛟的评价都比较高，这两人都是忠臣，英勇不屈，但是史可法的能力不强，眼光不佳，可以说是庸才；何腾蛟在湖南独断专行，不接隆武帝入赣，置大局于不顾。