在琥珀幻境中，此后建木沉睡了数千年。在无妄海中，西部树根隆起形成了高原，北部变为草原和沙漠，东部和南部落叶堆积成肥沃的平原，他的种子散播到海里，形成岛屿。然而结界是有缺陷的，每隔数千年，结界的裂缝就会将两个世界连接在一起，人，魔，神都有可能误入结界之中。

在裂缝中，黄泉领主相柳氏的魂魄也被卷入其中。在人与魔的战斗中，相柳氏（此为水神共工家臣，肉体为轩辕剑所毁，共工为祝融子）的力量越来越强大。妄图吸取建木的强大力量，反攻天界（不周山天柱倒塌后，共工不服，逃亡西边。被贬为西方洪水之神，虽然被贬，但相柳氏一直忠心共工）。就在相柳氏部署他的计划时，建木醒了。建木依靠人类（三勇士）的帮助，将相柳氏部分灵魂囚禁在西部血祭坛（建木的神等级高于相柳），之后再次陷入睡眠之中。
然而故事才刚刚开始。相柳的灵魂虽然被封印，然而他的诅咒却在扩散之中。人群中十分之一的人被诅咒了，被诅咒的人类死状及其可怕。他们被整个社会排挤，流放到荆棘岛（包括三勇士之一）。

此后数百年之间，三勇士之一王贺依靠战功建立了国家，另一位勇士李孝存的后代世代辅佐他。然而王贺的后代中有一个君王渐渐忌惮李氏家族的实力，此时一个与李氏家族有姻亲关系的西门家族企图取代李氏家族，与君王联手，在李氏家族进攻魔族的时候，屠杀李氏家族。李氏家族的残存后裔四处躲藏，最后逃入荆棘岛。

正文：李氏后裔李梦龙与其母亲西门暮雪逃亡时，被吴岳海（三勇士后代之一）营救至荆棘岛，在荆棘岛中隐形埋名。西门暮雪将西门家族信物扔到海里，被吴浅风拾到，交给李梦龙。在集会时候，李梦龙用玉佩交换玩具，然而却引来大麻烦。数年后，一群神秘人秘密进入流放村，带走吴浅风和西门暮雪，李梦龙去营救时，只救出了吴浅风。之后两人分道扬镳。
反攻篇
李梦龙到达对岸后，此时的西门家族已经控制了整个国家。李梦龙在跟踪时，结交了济世为怀的天一道长。天一道长教会了李梦龙潜行的法术，然后李梦龙偷偷潜入西门家族府邸，却误闯进西门家族的禁地，认识了窃取兵符的女侠墨沁。两人在墨家弟子的合力协助下，成功取得兵符，逃往城外。
兵符被盗后，西门家族派家兵沿途看守。李梦龙与墨沁走险道 鹰愁涧（树妖），将兵符交给了巨子。巨子以天下为重，将兵符转交给逃亡的小王子。李梦龙，墨沁护送乔装打扮的小王子王贤去北部找其舅舅虎翼将军刘狄。三人结伴同行，路径月牙海岸（海妖），找到虎翼将军刘狄后，反攻王城。

复仇篇
西门家族没有兵符，无法调动他州军队，很快攻破了王城，王贤成为了新的国君。本以为国家将要开始复兴了，然而神秘的黑雾逐渐扩散。黑雾笼罩下逃亡的人也变为僵尸。天一道长再次出现，告知刘梦龙黑雾是从荆棘岛上传来的。天一道长和李梦龙一起去往荆棘岛的流放村。
流放村如往常一样平静，吴浅风去海边迎接李梦龙，两人把酒言欢。然而第二天早晨，李梦龙提及黑雾的事，吴浅风告知荆棘村的真相。原来吴浅风和李梦龙分别后，他想跟他一起寻找西门暮雪，然而却被巡捕带到监狱，之后卖给人贩做苦役，在这里遇到和他一样有咒印的人。苦役叛变，大多数苦役被杀，他和几个年轻苦役的人乘小舟逃往荆棘岛，却发现整个流放村的人都已经被屠光了。他踏入村子的禁地，发现自己祖先的遗言。黄泉领主（相柳氏）的残魂找到他，借助他的力量复仇。李梦龙拒绝了，吴浅风与他展开对战，李梦龙不敌，天一道长带走了重伤的李梦龙。
李梦龙醒来后，在神（建木的魂）的提醒下，去往树界。建木的使者将日曜剑交于李梦龙，并告知这个世界上还有两个选中的勇士，必须找到他们才能彻底封印黄泉领主的灵魂。李梦龙回到城里，此时他母亲已经清醒，并告知他弟弟还活着，并且一定要找到他。

此时黑雾却并没有像王城前行，而是前往向天一道长的龙渊道场。李梦龙携带着日曜剑经过十里画廊前往龙渊道场，此时，龙渊道场正在与黑雾战斗。天一道长和众道士最终为黑雾侵袭，神志不清。李梦龙打晕天一道长，依靠日曜剑的结界逃出黑雾，黑雾中却有另外一人也跟着逃了出来。此人名唤阿蛮，是个画师，作画为生。李梦龙本以为他也要变僵尸，又不忍心杀他，将他捆绑在树上。然而他却逃脱了，又跟了数日。
天一道长虽然被毒雾腐蚀，但偶尔内心还是清醒的。他告诉李梦龙和阿蛮，传说在栖凤湖的湖里，有能对抗毒雾的法宝。并将修为传给李梦龙，之后自尽而亡。李梦龙和阿蛮前往栖凤湖。栖凤湖已经化为熔岩地。李梦龙很是绝望，亡灵大兵将李梦龙围困住，准备将他二人活捉献给黄泉之主。此时阿蛮感受到强烈的震动，阿蛮被打定海一偷袭，李梦龙抓住阿蛮，发现阿蛮的胎记，二人相认，阿蛮跳入熔岩湖中。国师定海一将阿蛮打入熔岩之中，熔岩化为纯净湖水，红莲托起阿蛮，岸边开满白色彼岸花，阿蛮用手中的神器打开这个世界与地狱连接的大门，黑雾中的亡灵沉默，阿蛮引导亡灵和黑雾通往地界，国师也被打入地狱。

太复杂了 古三不会这样的

古三都没出 如何续写古剑三？