突生变故
1895年重阳节（10月26日）黎明，各路人马均已整装待发，偏偏最重要的香港“突击队”没到。孙中山拿着杨衢云发来的电报说：“香港队员要迟两天才能出发。”大家担心起义延后会使机密泄露，于是商定取消本次起义行动，先遣散各部人马，以后择机再举。同时电告杨衢云，让“突击队”别来广州了。[3]
计划泄漏
但杨衢云接到电报时，七箱枪械已经改装进木桶，并以货物的名义交付省港班轮待运了，如果突然又跑去说这批货不运了，反倒容易被怀疑。因此，杨衢云就给孙中山回电说：“接电太迟，货已下船，请接。”同时，他又命三点会党首领朱贵全、丘四于27日晚率首批“突击队员”登轮，赶赴广州。[3]
省港班轮起锚后，朱丘突然发现，装着军械的七只大木桶，因船上要装的杂货太多而被移动了位置，并且上面层层叠叠压了许多货箱，根本无法取用。突击队员们即使到了广州，取不出枪械，也无法立即发动进攻。不过，更让他们吃惊的事还在后面。客轮28日抵达广州，清兵竟然早已在那里严阵以待，手无寸铁的突击队员全被拿获，伪装在木桶里的205支左轮手枪和大约80箱弹药也被查抄没收了。[3]
广州起义的计划已被满清当局获悉。朱淇的哥哥朱湘，是个举人且有公职，当得知弟弟参加了兴中会这种掉脑袋的活动，夜不能寐，深恐被株连，思前想后，就用朱淇的名义向官府告了密，试图将功折罪。[3]
功败垂成
清廷驻香港的密探也将三点会党羽集结的情况报告了两广总督谭钟麟；甚至这些人在香港采买军火的事，港英当局也用电报通知了谭钟麟。[3]
接二连三的情报相互印证，说明的确有人想“造反”，不由得谭钟麟不信，虽然他对医术精湛的孙中山竟然当了“匪首”深感意外，但还是采取了抓捕行动。[3]
广州起义功败垂成，陆皓东冒险返回总机关焚毁兴中会名册，不幸被捕，受尽钉插手足、铁锤凿齿等酷刑，但坚决不肯供出同党。“我可杀，继我而起者不可尽杀！”这种大无畏的气概让清吏都深为感佩。[3]
最终，陆皓东英勇不屈而死，成了为中国革命牺牲的第一人。朱贵全、丘四、程奎光、程耀宸等也相继被处以极刑。[3]
当孙中山致电杨衢云阻止“突击队”来广州时，就已让陈少白速返香港暂避，以免被清廷一网打尽。得知陆皓东被捕后，孙中山又令身边的同志迅速疏散，自己则与郑士良留下来隐藏武器，并亲自给各地写电报；在通知省城内各主要同志烧毁重要文书，清扫总机关后，才从容不迫地和郑士良离开。[3]

郑士良后来回忆说：“我真的非常佩服孙先生的气概、见识和度量。至于他的胆量，一直到（广州起义）失败当时的举动，我才知道