先说我的答案："我"，"孩儿"，"儿子"。（后两个仅限母子关系，兄终帝及还有其他继承方式产生的其他关系，这里不一一列举作答）
从宋明清的很多文献上看，皇帝日常应该是自称我，有时也会文绉绉地自称吾，这是用得比较多的；还有各种其他你能想到的和你想不到的第一人称，你我能用的，任性如皇帝没理由不能用；正式场合当然是电视里的那个万年不变的朕；而当对象是天地神祇和先皇先后则是自称臣，比向上帝行祭礼自称“总理山河臣某某”，这和中国人敬天敬祖有关。
皇太后是先帝之后，太后只是她活着的尊称，待她殡天，也是要尊为大行皇后、XX皇后（谥号）而享有先后的地位，面对一个预备役先后，你自称是臣有和不妥。
毕竟，过去她做皇后，你做太子，你是臣；将来她做先后，你做今上，你还是臣；如果偏偏她活着的这几年你不给她当臣，这多让强迫症的人难受啊。
何况，历史上大行皇帝没有选定继承人，或者行“正常”废立之事时，多是以太后懿旨之名。这似乎说明，太后是作为先帝留在人间的代言人的地位而存在的，那么皇帝对面太后称臣就更没什么不妥了。但因为毕竟是皇帝，有要强调一下，所以就成了“长子皇帝臣某某”，“儿皇帝臣某某”。（还可以拓展出孙皇帝臣某某，弟皇帝臣某某，侄嗣皇帝臣某某）
后面说的这一堆正式称呼应该是没有我第一段答案中的那种家常称呼使用多的，皇家的人也不带日常为难自己的。又生分又冗长，日常用这个，怕是母子关系已经崩了。
中国古代既有男尊女卑，又有阴阳相对；既有父死从子，又有百善孝先；所以就产生了这个所谓“矛盾”了。
非转载，是我一人之强答，请大家各抒己见。最重要是，一定不要当真了。