流动的水没有形状，漂流的风找不到踪迹，任何案件的推理都取决于心。
我的名字是工藤新一，是解决困难案件的高中生名侦探，可是有一天被神秘的组织灌下了毒药，身体缩小了。变成了江户川柯南，但身体变小了头脑还是一样，不管什么案件，真相永远只有一个！
直到有一天，在少年侦探团的步美意外失踪之后，我才明白，与黑衣组织的决战正在悄无声息的展开....