<<轩辕剑外传》和《仙剑奇侠传三》一样，也是在阐述宽恕的主题，但更多的向玩家揭示立场与友情之间的矛盾。由于人际关系比较复杂，可能对刚入手的玩家带来困扰，笔者在此说明一下：游戏中出现三个时代的人物，他们一起在春秋时期的诸国冒险，交融际会发生了动人心魄的离奇故事。最早的时代是车芸所处的春秋五霸中的晋文公、秦穆公争霸的时期，接着是一千年后的“五胡入华”的时期，那时又有一次秦晋之争，这就是著名的淝水战役，战后慕容诗和桓远之各自带着不同的使命来到了一千年前的春秋时期，希望利用昊天轮来改变国家民族的命运。另外还有神秘的七曜使者也来到这个时代，希望藉由昊天轮来创造黄金盛世，成功的话后面的唐朝将不会出现。
在人物关系上，桓远之和土曜使者是不同时代的同一灵魂，而车芸（机关师）、慕容诗（剑客）、苻殷（天书），她们也是同一个灵魂的不同前后世。苻殷和慕容诗，分别是车芸在不同时代的后世，如今身在同一个时代，互成奇异的敌友关系。还有轩辕剑也有两把，慕容诗和拓跋渊各有一把，它们应是同一把剑，只是从不同的时代碰到了一起。

与之前的练妖壶相仿，在天书世界玩家可以村落，修建各种建筑。将捕捉的怪物分配到工坊里可从事武器、护甲、药材和宝物的开发制造。天书在游戏中会有三次的升级，每次升级都有新的建筑物增加。
游戏中的资源分为怪物资源和建造资源。怪物由桓远之在战斗中用天书捕捉，注意血越少的就越容易捉。每一种怪物都有冶金、整备、制药、神技四种不同的技术能力，利用视破指令可以看到怪物的技能，然后再决定是否捕捉。建造资源有煤炭、木材、金属和金钱四种，金钱可从战斗中获得，另外三种要在游戏场景中寻找拾取，这是它们的主要来源。
角色的某些战斗指令需要搜集并装备上宝物才能开启，装备的宝物能随着战斗经验的提升而升级，从而使指令的作用得到增强，大部分开启指令的宝物在游戏中是唯一存在的，少数可以制造。