袁崇焕斩毛文龙
崇祯二年，公以东江毛文龙损益钱粮，而其形势仅能牵制，麾战后金，辄而败北，又军中岁俭饥乏，故上疏请于朝廷，以文臣理军饷，文龙知此，心乃恶之，亦上书驳，公愈远之。
及文龙谒，公乃设上宾之礼于庭，文龙愈骄而不让，是故公欲斩草而除之。
是年五月，公渡海至双岛，召文龙以阅兵，文龙乃设宴与之燕饮，辄至子夜，文龙未觉其意。公倏而与其议改军制，设监司使，文龙怫然。公复而劝之以致仕，文龙曰：“吾恒度以思之，向有此意，然仆仅晓辽东事，东事之急若解，朝鲜衰弱，可以袭占。”公益不悦。
公复请文龙观将士射，先设帐于山上，乃令参将谢尚政等率卒伏于帐外。及文龙至，其余部未能入内。公曰：“吾朝即发，君当海内外重负，请受一拜。”
文龙交拜毕。乃登山，公复问随从姓名于途，多为毛氏。文龙曰：“此皆仆孙。”公复笑：“君等奔疲于海外，月俸仅一斛而已，痛哉！复受吾拜，请君等尽责于社稷。”众顿首致意。
公乃极言几件文龙之罪，文龙与其辩之，公愈厉声斥文龙，令将去其冠服，绳之以法，文龙乃唾而大骂，公遂列数毛文龙十二罪状，曰：“君复知其罪乎？此罪者有十二。祖制，大将在外，必命文臣监。尔专制一方，军马钱粮不受核，一当斩。人臣之罪莫大欺君，尔奏报尽欺罔，杀降人难民冒功，二当斩。人臣无将，将则必诛。尔奏有牧马登州，取南京如反掌语，大逆不道，三当斩。每岁饷银数十万，不以给兵，月止散米三斗有半，侵盗军粮，四当斩。擅开马市于皮岛，私通外番，五当斩。部将数千人悉冒己姓，副将以下滥给札付千，走卒、舆夫尽金绯，六当斩。自宁远还，剽掠商船，自为盗贼，七当斩。强取民间子女，不知纪极，部下效尤，人不安室，八当斩。驱难民远窃人参，不从则饿死，岛上白骨如莽，九当斩。辇金京师，拜魏忠贤为父，塑冕旒像于岛中，十当斩。铁山之败，丧军无算，掩败为功，十一当斩。开镇八年，不能复寸土，观望养敌，十二当斩。”
毕复问之余部：“尔等亦觉文龙当斩乎？”众皆唯诺不语，然有陈年故交曰文龙劳苦，罪不当斩。公乃大叱：“毛文龙此一介布衣也，官致极品，荫泽满门。此酬劳若此，何复抵其罪耶？”出尚方剑，斩毛文龙于幄前。乃出谕其将士曰：“诛止文龙，余无罪。”
当是时，文龙麾下健将强兵数万，皆惮崇焕威，无一敢擅然动者。于是命棺敛文龙。明日具牲醴拜奠曰：“昨斩尔，朝廷大法；今祭尔，僚友私情。”为下泪。乃分其卒二万八千为四协，以文龙子承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘兴祚主之。收文龙敕印、尚方剑，令继盛代掌。犒军士，檄抚诸岛，尽除文龙虐政。还镇，以其状上闻，末言：“文龙大将，非臣得擅诛，谨席藳待罪。”时崇祯二年五月也。帝骤闻，意殊骇，念既死，且方倚崇焕，乃优旨褒答。俄传谕暴文龙罪，以安崇焕心；其爪牙伏京师者，令所司捕。崇焕上言：“文龙一匹夫，不法至此，以海外易为乱也。其众合老稚四万七千，妄称十万，且民多，兵不能二万，妄设将领千。今不宜更置帅，即以继盛摄之，于计便。”帝报可。
崇焕虽诛文龙，忧其余部叛，遂增其饷银至十八万。然岛失主帅，心渐涣散，兵卒益不可用，其后致有叛去者。崇焕言：“东江一镇，牵制所必资。今定两协，马军十营，步军五，岁饷银四十二万，米十三万六千。”帝颇以兵减饷增为疑，以崇焕故，特如其请。