暑假结束以后，小班、小玟和马克回到家乡贝尔市准备过普通的生活。可是小班并不习惯这种生活，还是偷偷使用Omnitrix捉弄平常欺负他的人。小班不知道自己已经被一个强大的生物盯上，克隆米亚星人幻空想要夺取Omnitrix和小班的身体。为了处理这个威胁，马克带小班和小玟到天工会的秘密基地，也在这个时候发现许多平常天天见面的熟人都是天工会成员。马克告诉小班幻空和亚马加顿魔盘的关系，以及要求小班随时接受天工会的严密保护。
在不接受就得离开贝尔市的情况下，小班只有答应。但是小班因为幻空仍然在学校找上他，决定不要再让别人为他承担危险，决定亲自当诱饵引出幻空。可是水电工们中了陷阱，被困在自己基地的房间里。小班、小玟和马克也被幻空打败，幻空抓走小班。幻空提到Omnitrix的时间限制是为了避免使用者的人格被取代，然后占据小班的身体让小班透过Omnitrix变成年轻的幻空，原本的年老幻空说不能存在同一时间就消失。幻空启动亚马加顿魔盘，另一边怀特校长放出被囚禁的水电工。
马克要牺牲自己阻止亚马加顿魔盘运作。小玟努力终于唤醒幻空里面小班的人格，小班和小玟在其他水电工协助下救了马克。在他们以为胜利的时候时间停止，原本的年老幻空出现攻击小班。小班变身超能兽和幻空作战，最后把幻空撞进亚马加顿魔盘并摧毁亚马加顿魔盘。小班和小玟赶回学校的才艺表演，拿到第二名。小班、小玟和马克一起去吃披萨，马克提到外星人会不断找上门来。在夜空中，一艘疑似魔贾斯的太空船飞向地球。