说实话，EM进入动物消化道后的活动不甚积极，不同动物之间差异很大。我们都知道，构成EM的主要菌群有光合菌、乳酸菌、酵母菌和芽孢菌等。其中，光合菌在大多数动物的消化道中仅仅起营养作用，而其他菌在其进入不同动物的消化道后，会呈现不同的反应，下面分条详述：
1.1 禽类当EM被禽类食用时，首先乳酸菌会在腺胃部分便被大多数地杀死；其次，没有形成休眠体的酵母菌会在肌胃也被大部分地杀死。至此，这些被杀死的菌也并非一无是处，它们将是良好的营养物质和益生元，能够促进肠道有益菌和动物本身的生长。那么剩下来的便是大部分的芽孢菌和酵母了。禽类肠道对芽孢菌和酵母来说是比较好但不甚理想的生存环境，其温度、pH合适，养分充足，但极度缺氧，并面临着原籍微生物的竞争压力。晕，又说到微生态学上面去了，言归正题。芽孢菌和酵母进入禽类的肠道后，首先会大量繁殖，并发挥生物夺氧作用，也就是它们把肠道中的氧气消耗得很干净，以至于让一些好氧或兼性厌氧好氧为主的有害微生物无法繁殖；其次，芽孢菌能够产生抗生素这个已经是老生常谈的了。原理讲太多恐怕大家也难以理解，那么就说一下最终效果吧，最终能够维持或纠正禽类肠道的微生态平衡，从而起到促生长、提高免疫力、减小粪便异味等作用。但由于给禽类饲喂EM几乎无法直接地补充乳酸菌，所以效果可能不甚明显。
1.2 猪、人、兔嗯，先说明一下喔，虽然把人和猪放一起说实属具有讽刺意味，但因为猪和人的消化系统相似度最高，所以就放一起讲咯。总体来说和禽类是大同小异的，但区别在于，人和猪只有一个胃，且分泌胃酸的能力没有禽类那么厉害，所以在一定程度上，效果优于禽类。而兔子呢，和猪的主要区别在于多了那么一段粗大的盲肠用以充分消化粗纤维，其消化粗纤维的机制和牛、羊的瘤胃比较类似，但它长得实在不是地方，所以也没什么卵用。但牛羊这些“长对地方”的动物就不一样了。
1.3 牛、羊大多数人都知道，牛羊的胃跟其他动物差别很大，其将草或其他饲料吃下去过后，首先经过的是巨大的瘤胃，瘤胃对粗纤维的消化效率非常地高，这也是其能够耐粗饲的关键。而给牛羊饲喂EM是再合适不过的了，其原因在于其适用性与必要性：适用性在于，瘤胃不分泌胃酸，所以不会轻易把外来菌群杀死，且瘤胃的有规律而有力的运动也能够促使菌体的均匀分布以促进微生物活动；必要性在于，瘤胃中本身的微生物所是非常强烈而明显的的腐败型微生态系统，能够把摄取的营业物质变成氨、甲烷等废物，并产生一些其他有害物质。虽然瘤胃微生物的作用是双向性的，也就是其也能够把氨或尿素等其他废物变成营养物质，以至于我们在饲养牛羊的时候可以加入尿素或铵盐等化肥来对其起到促生长的作用，从我们养殖户的视角来看确实是个好事，但对牛羊本身而言是毫无好处的。因为瘤胃微生物所产生的或我们所饲喂的氨会被其瘤胃壁吸收，经过血液流经全身，最后再从唾液中分泌出来，回到瘤胃。这个循环过程对牛羊机体来说是毫无好处的，并不仅仅是从动物福利的角度来说，而且从正常逻辑来说，谁都不希望自己饲养的动物整天处于慢性中毒状态；所以，给牛羊饲喂EM显得非常有必要，因为EM可以显著地抑制这一过程，促进瘤胃微生物群对氨的同化，这样既减少了氨对牛羊本身的胁迫，又提升了过瘤胃蛋白的量，自然对其促生长作用和提高免疫力作用显著。顺便提一下两个内容：一是虽然从理论上来说，在精饲料所比例较大的情况下，饲喂EM有增加瘤胃酸中毒风险的可能，但事实上不但没有增加其发病率，反而使其消失的无影无终，具体原因还有待斟酌。二是EM治疗瘤胃鼓气尤其是羊的瘤胃鼓气的效果相当不错，完爆甲醛和二甲基硅油等传统制酵剂类药物；虽然我这么说已经违反兽医的职业道德了，毕竟EM不是药品，但这在实际应用中确实是非常不错的选择。
1.4 鱼类从理论上来说，EM用以饲喂鱼的效果也应当是非常不错的，很多事实也证明了这一点。因为鱼类的消化系统主要依赖的是水解酶而非胃酸，因此EM菌群能够顺利到达鱼的肠道并发挥作用。更加可贵的是，EM中的不少益生菌能够顺利地在鱼的消化道中定植，而不像在其他陆生动物的消化道中那样只是个过客。不过这并不意味着我们只需要饲喂其一两次EM就能够一劳永逸，因为鱼类消化系统的微生态系统是动态的，也就是受环境和饲料的影响非常大，不能够像哺乳动物和禽类那样自行维持微生态稳定。