孙悟空本身被看作是“心猿”的象征，白龙马则喻指“意马”。在《西游记》中，“心猿”两字一共出现过三十三次，“意马”则出现过五次，古人常用猿猴的攀缘跳跃、野马的奔驰来形容心念不安分，“心猿意马”这样的词常常是现在班主任教训顽童的话。为了不让人“心猿意马”，所以要心有约束，于是“紧箍儿”就戴到了心猿孙悟空的头上。约束有了还须修行，在《西游记》中，向西游而不是向东游，是因为西方代表虚空，认识到空是成佛的前提，心猿西游，就是人们修心成佛的喻示。甚至孙悟空的名字就叫“悟空”，即可以解为对“空”的觉悟，也可以将“悟”字拆开为“吾心”空。
孙悟空拿手的七十二变和“筋斗云”也有暗喻。七十二般变化是人的心理活动，佛教中说心念一起，便可包罗大千世界，人心会有多种变相。“筋斗云”则是“思绪翻腾”的形象说法，悟空“腾云驾雾”就是心念在驰骋，翻个“筋斗云”有“十万八千里”。在中国流行的大乘佛教认为人只要悟道，可以立地成佛，所以唐僧走N久的路程去西天圣地，孙悟空一个筋斗就能到。人心一念善便在佛国，一念邪便落秽土，“筋斗云”的里程表与唐僧到西天的距离相同不是巧合。
至于孙悟空的武器金箍棒可长可短随心如意，则是心理活动和意念跳跃后所形成的“主张”。《西游记》第七回中就将金箍棒称为“柱杖”。“柱杖”通“主张”，心有主张，便可意志坚定，产生力量，才可以大闹天宫，搅乱乾坤；可以降妖伏魔，取来真经。第五十一回中，悟空被青牛老怪的法宝收了金箍棒，登时没了“主张”，到天上请救兵时，前倨后恭，被人嘲笑，可见丢了“主张”，行动立刻进退失据。
悟空师徒四人加上白龙马一路西行，历尽苦难，是修行的必经过程，路上遇到的妖魔是人在修道时心魔丛生。佛家常说六根清净，六根是眼、耳、鼻、舌、身、意，六根不清净就会产生喜、怒、爱、思、忧、欲六识，也就是内心的欲念。如何让六根清净呢？《西游记》第十四回，孙悟空一心一意认了唐僧为师，保护他去西天取经，路遇六个毛贼——“眼看喜”、“耳听怒”、“鼻嗅爱”、“舌尝思”、“身本忧”、“意见欲”。这六个毛贼的名字充满了喻意，全都是佛经里六根不净的恶果，所以孙悟空将它们一棒打杀，六根登时清净，于是修心的“西游”之行有了一个好的开端。很快在“蛇盘山鹰愁涧”又收服了“意马”小白龙，“心猿意马”都归服了，九九八十一难后，心猿悟空已然成为“斗战胜佛”，西游取经也就成功了。
《西游记》中，这样的佛道隐喻数不胜数，有逻辑成体系。所以人们常说《西游记》不是一本简单的小说，而是一部悟道之书。甚至有不少学者质疑《西游记》根本不是一介文人吴承恩能写出来的，真正的作者应该是一位宗教界的大师，道教中人普遍认为作者可能是全真教的丘处机道长。不过至今还未有定论。