二氧化氯发生器之所以能消灭藻类植物，是因为它能制备藻类植物的“化学天敌”二氧化氯。而二氧化氯对藻类植物有很好的灭火作用，它非常容易溶于水，但它不和水发生任何反应，也不会以二聚或多聚形式存在。一般二氧化氯在水中会以中性分子出现，并迅速扩散到带有负电荷的藻细胞外表，并快速渗透到细胞中，通过改变苯环而破坏藻类的生物活性，然后二氧化氯再以同样的的方式作用于藻类的吡咯环，并使其不能进行光合作用，终止细胞的新陈代谢，最终达到消灭藻类植物的目的。