漫画中“守护忍十二士”仅仅从角都口中提到过,也只有地陆和阿斯玛出现,其余人和空都是原创人物。
阿斯玛对鹿丸透露“‘玉’究竟是谁”的时机被更改了。动画里删除了阿斯玛死后鹿丸抽烟的情节,鹿丸惦念着阿斯玛的物品也由香烟更改为打火机。另外,原作中离开木叶前的鹿丸是抽着香烟的,动画则更替为鹿丸无法接受阿斯玛的逝去而自责的情节。
漫画里二尾和三尾是同时被“晓”封印的,动画里只封印了二尾,三尾则是在后续的“三尾出现之章”中被封印,相关的情节以及红莲、幽鬼丸等人物也为动画原创。
原作中,水月只是将插在墓地上的大刀直接拔出;动画中,由于大刀被动画自创角色从墓地偷走了,因此水月被安排与佐助一同前往夺取。
漫画里佐助等人加入“晓”时已有七只尾兽被封印,动画里只有六只,剩余的六尾则是在后续的“六尾发动之章”中被封印,而且漫画中并没有提及六尾是由佩恩六道捕获。相应地,漫画中素不相识的鸣人和羽高也在动画中有过一面之缘,因此在鸣人与六名人柱力会面时相比漫画增加了鸣人与羽高的对话。