包括康熙皇帝在内的多数人认为这个"朱三太子"是真的朱慈炯。他生于崇祯四年，死于康熙四十七年，终年七十八岁。但也有人认为此次抓住的朱慈炯也是假冒的。康熙皇帝为了早日将"朱三太子案"结案，匆匆找了个情况接近，稍微可信的人当替罪羊。在民间，百姓们依然相信朱三太子还活着，躲在某个乡间角落。康熙末年，台湾朱一贵发动大起义，一度控制全岛。朱一贵起义仍然尊奉朱三太子的名号。康熙皇帝的如意算盘落空了。
雍正二年，清朝找出一个名叫朱文元的镶白旗汉人，宣称朱文元就是明太祖第十三子、代简王的后裔。出于"政治团结"的需要，清朝封这个朱文元继承明朝皇室血脉，享受优厚的待遇，四时祭祀明朝皇陵。朱文元这一系，世代成了清朝的"政治花瓶"。雍正搬出一个朱文正后，仍然没有杜绝"朱三太子"的出现。雍正七年，有个叫李梅的人声称朱三太子没有死，而是流落到了海外。清朝广东总督亲自带兵抓捕李梅，李梅不知所终。此后国内的浙江、广西，国外的越南、吕宋等地都出现了朱三太子的踪迹，让清朝头痛不已。一直到乾隆年间，清朝入关超过百年，百姓对明朝的记忆已经淡忘，"反清复明"的号召起不了什么作用了，"朱三太子"才慢慢销声匿迹。
