合并财务报表的不同之处主要表现在以下几个方面：
(1)反映的内容及对象不同。个别财务报表反映的是独立的法人企业的财务状况、经营成果和现金流量情况，反映对象是独立的法人企业，它既是经济意义上的会计主体，也是法律主体。合并财务报表反映的是母子公司组成的企业集团整体的财务状况、经营成果和现金流量情况，反映对象是由若干法人企业组成的企业集团，是经济意义上的会计主体，但不是法律意义上的主体。
(2)编报单位不同，个别财务报表由独立的法人编制，每家企业都有义务编制个别财务报表。合并财务报表由企业集团内的母公司编制，并不是所有企业都需要编制合并财务报表。在多层控股的情况下，往往由最终的母公司编制，在有需要的情况下，中层控股的公司才有可能编制合并财务报表。
(3)编制基础不同。个别财务报表的编制，从设置账簿、编制分录、登记账簿到编制财务报表，遵循一套完整的会计核算体系。合并财务报表并不遵循这套程序，相反，它从这套程序得出的结果开始，以纳入合并范围内的企业个别财务报表为基础，根据有关资料，抵销集团内部对个别财务报表的影响来编制。 (4)编制方法不同。个别财务报表的编制方法包括设置账户、复式记账、登记账簿、平行登记、试算平衡、结账、账项调整等一系列方法。合并财务报表则是对纳入合并范围的母子公司个别财务报表相应项目加总，然后编制抵销分录将集团内部会计事项对个别财务报表的影响予以抵销，最后合并各项目的数额而成。编制合并财务报表，主要有编制抵销分录、运用合并财务报表工作底稿等方法。