水晶的评价标准和高端宝石有所不同。多数高端宝石把颜色放在评价的第一位，而对水晶来说，颜色和净度（水晶行业称作晶体）是近乎同等重要的因素：
1、颜色：对任何宝石来说，颜色都是非常重要的，水晶也不例外。如果水晶晶体是有颜色的，如粉水晶、黄水晶、紫水晶等，其颜色评价的最高标准则是明艳动人，不带有灰色、黑色、褐色等其他色调。如粉水晶，颜色以粉红为佳；紫水晶，要求颜色为鲜紫，纯净不发黑；黄水晶，要求颜色不含绿色、柠檬色调，以金橘色为佳。对于发晶来说，晶体的颜色也是很重要的。相同发丝的金发晶，晶体完全无色（白水晶）和晶体略偏茶色，肉眼的视觉观感也是有差别的，所以前者的价格会高于后者。
2、净度：水晶与高档宝石的净度要求有很大不同。高档宝石稀少罕见，所以一般人们普遍对高档宝石的净度不会过于苛求。而水晶的产量着实大得惊人，所以通常人们会要求水晶净度越高越好，尽量避免有较明显的内含物的水晶。
3、杂质：如果水晶内部杂质中有传说中人物的造型，如佛、星座、生肖等价值可能要高于同等颜色和净度的水晶。