关于伏羲殿最初的模样，李根柱回忆，1988年他初次踏访寺庙时，坐落在荒草丛中的伏羲殿是唯一幸存的建筑，里面既没有神像，也没有碑刻题记，它深陷于黄河沙土中的地基，屡遭雨水倒灌，处于风雨飘摇之中。
见此情景，李根柱大为痛心，身为县政协委员的他立即起草提案，要求重修伏羲殿，并复原“文化大**”中被破坏的龙马负图寺。
两年后，县里最终拨款80多万元，让他主持重修伏羲殿。为了保护伏羲殿不再灌水，他们将伏羲殿全部落架提升，在原有地平线上提高一米多，在对原建筑物件如立柱、檩条、墙体、斗拱等修正后，重新上架，保持原貌进行修复。并重修了山门，但因资金中断半途停工。
八年后，他申请到500万元资金，建好山门之后，又重修了钟楼、鼓楼、三皇殿及两侧的廊坊等。“寺内规模扩大了很多，面积由原来的19亩扩展到现在的43亩。”

很意外地，他们在拆掉伏羲殿时，竟然发现了24通隐藏在墙内的碑刻。原来在“文化大**”时，雷村小学的一位老师看到寺中大量建筑、碑刻及雕像被无情地毁掉，十分痛心，遂在一日放学后，悄悄叫上几位高年级的孩子，帮助他用麦草和泥将这些碑刻糊进了墙里。“这位老师真是功德无量。有了这些碑刻，龙马负图寺才有历史的记忆，也才有自己的分量。”说起原委，李根柱感慨万端。
碑刻上的庄重记忆
即便是抬升了的伏羲殿，也被涂抹上现代的油彩，在我们解读一座庙宇的历史时，往往给人以失真的感觉。能真切让我们触摸记忆的，只有这些遗留的碑刻了。
我们进入山门时，曾看到两通保留在玻璃罩中的石碑，分立在山门两侧，其一为“图河故道”碑，另一为“龙马负图处”碑，雄浑苍劲的刀工，深深嵌入碑体，有种惊心的苍凉之美。
李根柱说，这两通石碑原是镶嵌在明代所建的钟楼、鼓楼下的，根据其雕刻手法及风格，郑州大学的董应周教授和河南古建研究所的原所长李传泽，都认为是唐代的作品。
在伏羲殿的墙壁上，还有“一画开天”、“渊源”等碑刻，前者为原伏羲殿神龛下的横匾，后者为明建渊源阁上的匾额。这两通碑刻与山门两侧的碑刻风格一致。

从寺名的更替中，我们还可看出其一直供奉着伏羲，宣扬的也是伏羲文化。但李根柱说，实际的信仰供奉远比这复杂得多。
从历代重修碑记及碑刻上，我们可以看到其不仅供奉着伏羲，还供奉着夏禹王、周文王、周公旦、孔子等古代圣贤和关公、释迦牟尼及胁侍各神、观世音菩萨等各路神仙。这无疑说明，在历代一直供奉伏羲的同时，当地人根据信仰的需要，不断增添或变更自己的神只。“我们这次重修时，曾考虑是否再设关公、释迦牟尼等的塑像，但最终定位于伏羲再加炎黄二帝。”李根柱说。
源自伏羲降龙马
从信奉众神到回归伏羲，让我们看到一座庙宇的信仰发展轨迹。而事实上，龙马负图寺也一直跟伏羲有关。
说起伏羲，这位传奇的“人文始祖”，因母亲华胥氏在雷泽踩了大脚印而孕，12年后生在成纪（今甘肃天水），后带领氏族迁徙至黄河流域，最终定都于陈（今河南淮阳），其智慧超人，画八卦，代替结绳记事；“作网罟”，教民渔猎；“定姓氏”，自姓为风；“制嫁娶”，男婚女嫁；“定官职”分理海内，功绩甚巨。在这些功绩中，首推其发现“河图”、“洛书”之后而画八卦。《周易·系辞上》记载：“河出图，洛出书，圣人则之。”
所谓“河出图”，就是伏羲在一次观察黄河时，有龙马背负“河图”出现；而“洛出书”，则是伏羲在洛水发现的神龟背负的“洛书”。
所谓“河出图”，就是伏羲在一次观察黄河时，有龙马背负“河图”出现；而“洛出书”，则是伏羲在洛水发现的神龟背负的“洛书”。1988年，内蒙古学者韩永贤宣布破解了“河图”、“洛书”的千古之谜：所谓的“河图”，原来就是上古游牧时代的“气象图”；所谓的“洛书”，则是指他们的“方位图”。
那么，“河图”这个“气象图”，是伏羲在哪里发现的呢？
据《古今图书集成·职方典》记载：“上古伏羲时，龙马负图出于河——伏羲则之以画八卦。”
西汉经学家孔安国解释说：“龙马者天地之精也，其为形者也，马身而龙鳞，故谓之龙马。龙马赤文绿色，高八尺五寸，类骆有翼，踏水不没，圣人在位，龙马出于孟河之中焉。”
这里显然指出了龙马的发现地点在“孟河”，“孟河”应该是古孟涂国（今孟津）境内的河流。李根柱认为，“孟河”实际上就是今天的黄河支流之一孟津境内的图河。龙马负图寺建在图河河畔可作为证明。
我们在龙马负图寺的门前，看到了被整修过的一二十米长的图河河道，除了寺庙门前蓄有水，其余河道已经干涸，为青绿的麦苗及参天的杨树所覆盖。李根柱说，图河发源于孟津县城东南3公里外的邙山百乐原诸坟岭，向东北注入黄河，全长21.5公里，附近还有一个孟河村，传说该村就是伏羲捉龙马的地方。
当地还流传着伏羲“得马于孟河，养马于马庄，画卦于读书台”之说，所以除了得马的孟河村，这里还有马庄村，该村至今还有拴马桩、前马圈、后马圈等遗迹，而读书台就在龙马负图寺附近。
李根柱曾经考察了整个图河流域，发现其两侧还有不少跟此传说有关的村庄，如负图村、卦沟村、上河图村、下河图村等，皆跟伏羲发现龙马负图这一事件有关；另外还有8个以河流命名的村庄，如郑河、卫河等，传说是伏羲死后龙马悲伤过度而顺图河踢出的8道沟形成的8条河流。