唯识宗主张一切万法皆由阿赖耶识缘起。因为它能含藏一切诸法种子，因此可以作为一切有情的根本所依。世间的森罗万象都是由此识所执持的种子所现行。例如青、黄、赤、白的色境，为眼识种子所变现；声境，为耳识种子所变现；香、味、触境，为鼻、舌、身识种子所变现；法境，为意识所变现。至于末那识，其恒缘阿赖耶识的见分，变现实我的影像；阿赖耶识则恒缘根身、器界、种子，变现宇宙万法。由此类推，万有的存在都是八识种子所变现。但是前七识的种子都摄藏在第八阿赖耶识中，第八阿赖耶识则摄藏了一切万有之所以产生的原因，所以第八识就成了宇宙万有的总根源、总依据。因此，瑜伽行派不说八识缘起，而独称第八阿赖耶识缘起。
阿赖耶识中的种子是一种潜在能源，在具体上会萌芽，也会变成现在活动的来源，比方观看物品、耽于思考、哭笑、思想、说话、活动，这一切都归纳为现行。而这些也属于诸识的活动，叫做现行识。当第八阿赖耶识内的种子显现出一切现象时，种子已由潜在状态转化为外在表现，这时种子是因，现行是果。没有种子，就没有现行，这是种子与现行的基本因果关系。这种过程就称为"种子生现行"，即是贮存在第八识中的诸种子(业力)，经过蕴酿、转变、成熟，最后一遇机缘，即从隐含的潜能产生显明的力量，变现新生命体(有情世间)及其所依的山河大地(器世间)。
种子与现行，除了基本因果关系外，又可互为因果。当前七识的现行变现出各种现象时，就会将印象、痕迹储藏在第八识中，"熏习"已有的种子，产生出新的种子。从善恶行为(现行)化成种子(业力)，贮存于阿赖耶识中，这时现行变为原因，种子成了结果，整个过程就称为现行熏种子。阿赖耶识就成了储存业力种子的地方，因此，又叫做藏识或种子识。
种子生现行、现行熏种子，这种互为因果、互相依存、互相转化的过程，彷佛波涛汹涌的水势，一直往来流动不停，这就构成了阿赖耶识缘起。编者附八识示意图(如下): 　眼识、耳识、鼻识、舌识、身识、意识、末那识、阿赖耶识。佛教的唯识学，把一心分八识。兹列表说明如下：　　┌１眼识——眼根缘色尘┐
　　│２耳识——耳根缘声尘│
　　│３鼻识——鼻根缘香尘├识（了别为义）——————————————┐
　　│４舌识——舌根缘味尘│　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│
　　│５身识——身根缘触尘│　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│七
│６意识——意根缘法尘┘　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　├转
八　│　　　　　　　┌是第六意识所依之根——————————┐　　　　│识
识—┤７第七末那识—┤常随四烦恼———我痴、我见、我爱、我慢├意（思量│
│　　　　　　　└向内执取阿赖耶为我，向外认识境界为实法┘　为义）┘
　　│　　　　　　　　　　　　　┌能藏　能含藏一切法的种子
│　　　　　　　　┌华译藏识┤所藏　受第七识所薰习———┐
　　│　　　　　　　　│　　　　└执藏　受第七识所执取　　　├心（集起
　　└８第八识阿赖耶—┤无覆无记　　　　　　　　　　　　　　│为义）——根
　　 　　　　　　　　└种子现行时，善恶分明，业报相续　　　┘　　　　　本
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　识