公元七世纪，南北朝时期，北朝皇帝隋文帝派兵消灭了南朝陈国后，结束了中原南北朝数百年之分裂局面，重新统一了中国并成立了隋国。然而陈国的遗民悲痛祖国亡灭，公元六一八年，在江南集结大军数万兴兵反抗，企图一举复国。隋文帝下令出兵平乱，然而最令人惊讶的是，这支平乱部队为首竟是一位身披神秘斗篷，年仅十二岁的少年。他手持一把雕有古朴花纹的金色之剑，此乃十大上古神器之一━━轩辕剑。少年在一击之间，便将反抗朝廷的陈国数万人马化为飞灰！自此，大隋威名让所有反抗者闻之色变，再没有人敢轻起反抗之念。

十六年后，隋炀帝杨广时代——男主角陈靖仇奉师父之命，踏上寻找传说中五样上古神器旅途。陈靖仇是陈国后裔，在襁褓时代隋朝四处搜捕陈国遗族时，他的师父陈辅牺牲了自己的孙儿，冒险将陈靖仇替代救出。陈辅将自己复国的愿望，全落在幼小的陈靖仇身上（陈靖仇之名，即是“靖北虏，复国仇”的意思）。由于十六年前历经那场惊心动魄的战争，师父深知自己绝对无法胜过手持轩辕剑的神秘少年，所以决心改换方式，开始四处寻找传说中能让人获得天下的五样上古神器——伏羲琴、神农鼎、崆峒印、昆仑镜、女娲石，打算收齐它们，以它们的力量来复兴故国。《天之痕》故事，就随着这场艰辛的复国之旅，逐渐展开。同时，该部作品也解释了《轩辕剑叁：云和山的彼端》中，炼妖壶出现在欧洲的原因。