1998年5月25日普京被指定为俄罗斯联邦行政局第一副局长,负责地方配合工作。在被任命前被认为是克里姆林宫最有影响的人物之一。
从1998年7月25日起俄罗斯联邦***局长普京任命三员大将——尼古拉夫·巴特卢谢夫,维克多·切尔科索夫,谢尔盖·伊万诺夫为自己的副局长,他和这三个人在圣彼得堡的克格勃部门的工作时相识。1998年秋普京对联邦***进行了改组。普京在位俄罗斯联邦***局长期间,撤销了经济反间谍管理部和战略目标情报提供科,作为替代,成立了六个新部门。他实现了联邦***得到源源不断的资金,也提高了职员的工资(在这方面他们的工资和对外情报局、联邦政府通讯与信息处的职员等同)