1937年，日军入侵南京，战火中，六朝古都化为废墟，众多中国军民被困城中。一支十数人的国军德械教导队余部在长官李教官指挥下，从日军手中救出了一批教会学校女学生，而李教官等人，至此丧失了出城的机会。幸免于难的书娟等学生返回文彻斯特教堂，随她们一 起来到的，还有受雇远道至此收敛神父遗体的美国人约翰·米勒。此时的南京城中，逃难的人们蜂拥进安全区和教堂寻找庇护，十四名风尘女子强行进入教堂避难，其中精通英语的玉墨希望借助约翰的身份为一行人提供更多保护。教堂的墙壁，并不能阻挡日军的铁蹄，教堂内的人们，将面临孰生孰死的选择……
看的时候笑中有泪，泪中有恨，时而沉重，时而抑郁，时而幽默，时而感动。《金陵十三钗》的突破在于人物谱系的多元化，在这部影片的肖像学图谱里，能够看到多国电影二战叙事的基因，也能看到以往抗日叙事的延伸和进化。创作者花费心思利用既有的肖像学传统，颇为讨巧地将种族、阶层、性别等多重冲突编织在一个关于反抗与拯救的故事当中。最难得的是，叙事折射出了中国抗日战争时期的现代性状况，这一点恰是以往很多抗日叙事所忽略的。《金陵十三钗》以一名白人男性作为主人公，将故事空间设置在代表西方/现代文明的教堂，两组对位的女性人物——女学生和妓女，分别以教育/正途和商品化/邪路的方式融入中国现代化进程，而她们的现代性体验因日本攻入南京这一灾难而中断了，这恰是中国国家命运的缩影——初具雏形的现代化进程被侵略战争破坏，在当时唯一能够依赖的便是居高临下的盟友——以美国为代表的西方/男主人公。
但是值得深思的是，我们为什么只能依靠别人的帮助？因为当时的落后。落后就要挨打，我们不能忘记以前的屈辱历史 。
都商女不知亡国恨，但是在这部电影中所体现出来的，反驳了这一点。她们也有血有肉，有情有义。李教官的英勇也反应出中国人不怕牺牲的大无畏精神。