在截获凯恩和Nod指挥官（玩家）之间的通信后，他们立即注意到凯恩可能是这件事情的始作俑者，并且发现“凯恩”这个词，不知何故已经存在于他们的数据库中，而更令人不安的是，凯恩的基因物质竟无法识别，它不属于任何一个古代物种，甚至在他们海量的太空物种数据中也找不到答案。在第3次泰战后期，SCRIN在地球的部队失去了他们的主辐射动力源，全部停止\瘫痪。而凯恩唤醒CABAL系统，让凯恩之印力量成功地夺取了神秘装置塔西陀，将塔西陀与SCRIN巨塔中的CABAL系统连接（CABAL系统核心与巨塔对接？），SCRIN巨塔的系统或者是CABAL，或者是2者合一，启动了的SCRIN母星系部队来到地球的侵略大门……SCRIN“执行第2阶段”。似乎一切都在凯恩的操纵当中…… 第四次泰伯利亚战争 当2062年人类正濒于灭绝的危机之中，地球仅剩下6年的时间可以居住。凯恩带着“塔西陀”单刀赴会与GDI展开合作，共同建立泰矿网络，同时五名科学家和指挥官被植入基于塔西陀技术的眼球，凯恩的最终目的是通过控制3座泰控塔并使之与零之领域的巨塔同步从而打开星际之门实现升天，同时地球上的泰伯利亚晶体也会随之停止生长并且消失。故事的最后随着星际之门的打开凯恩实现了升天的愿望，命令与征服的故事也宣布结束。
