小燕子误会乾隆是杀父仇人,乾隆派福伦到浙江总督府查案,终于查出了真相,立刻带着相关人物赶回南阳。一到南阳府乾隆亲自审案,福伦将一干证人带到乾隆面前,清清楚楚的交代了箫之航被陷害、斩首、抄家及雪吟自刎殉情的过程。小燕子终于在乾隆公开审案下,平反了父亲的冤情,事实证明乾隆不是小燕子的杀父仇人,那仇人是当初的浙江总督玛钰,假传圣旨,公报私仇,斩了箫之航。乾隆震怒中,立刻将玛钰也就地正法,反而帮小燕子父女,报了家仇。
箫家沉冤昭雪,小燕子箫剑等人如释重负,快乐的在草原奔跑。众人消遣起箫剑,错认仇家,瞎恨乾隆十九年,根本就是一位「箫大瞎」,于是决定处罚箫剑清马粪。但是面对是否回宫,小燕子迟疑了,永琪又不安的忧虑了。
不管永琪如何保证,小燕子对于皇宫产生极大的恐惧,自认完全不适合皇宫,更无法面对愉妃与欣荣,她害怕自己的快乐被终结,也害怕自己会影响永琪的前途,小燕子成熟的了解到自己有一位令她敬佩的父亲,所以期望自己也能成为「江南小小侠」,并鼓励永琪成为伟大乾隆的骄傲。
尔康召集大家商议众人回宫与否的问题,结果箫剑、晴儿决定回到心之所向往的大理,但小燕子却迟迟下不了决定,永琪极力想说服小燕子,但紫薇却想在回宫之前先办柳青与金琐的婚礼,本来离愁依依的小燕子顿时又振奋了起来,与大家商议着金琐的婚礼。
金琐在众人欢喜的祝福声中,终于结婚了,乾隆福伦等长辈也亲自到场祝贺。洞房花烛夜的新郎和新娘,更是被古灵精怪的小燕子整得哭笑不得…。
家仇报了、金琐结婚了,小燕子对于该不该随着永琪回宫苦恼不已,对着贺家的鸡群诉说着烦恼,永琪见状想再和小燕子好好的谈,但小燕子却觉得已谈得太多,毫无力气再与永琪拔河…。
永琪一个人踽踽独行,神色黯淡的在草原走着,默默的又读着愉妃的书信,当读到愉妃心碎之处,永琪感到自己非常自私和不孝,痛楚的用头撞树干自责着。尾随而至的小燕子见状赶紧阻止永琪。为不让永琪难作抉择,小燕子认真鼓励永琪回到愉妃身旁,去当一位孝子,去做一位让小燕子看得起的大男人。永琪看到了一个不断蜕变的小燕子,心中纵有千万个舍不得,也决定尽最后的孝心,于是永琪向小燕子提出了两年后「大理相见」,然后「终生相守」的约定。他并没有告诉小燕子,他必须回去,是要给愉妃和欣荣一份安慰和希望,那就是一个儿子。如果两年完成这件事,他才能安心永远陪伴小燕子。但是,小燕子已非昔日阿蒙,心里完全明白。
「十全十美家族」最后决定兵分两路,永琪、尔康、紫薇、金琐等人一路跟着乾隆回北京,小燕子晴儿随着箫剑去大理,班杰明随着自己的心走,决定去户户有花的大理。永琪沉重的将愉妃的家书给班杰明看,也向班杰明坦言他和小燕子的两年约定,永琪郑重将小燕子托付给他最信任的班杰明照顾,班杰明挣扎中接下了这份「谁也没把握」的请托!
小燕子决定不与乾隆回宫,父女俩在湖边荡着小船,珍惜最后的父女情缘,乾隆盛满离愁的感伤,也对永琪和小燕子的分开感到遗憾,殷切的叮嘱小燕子不可忘记永琪,忘了真心期盼成为一家人的皇阿玛。乾隆一番肺腑之言,让父女二人离情依依的相拥在船只之上。
小燕子招集了「四大才子」和明月、彩霞,千叮咛、万嘱咐的,要他们回宫后要好好照顾紫薇,但六人却面对与小燕子的分离,伤心惆怅。小燕子为激励众人的士气,强颜欢笑的再封六人为「六六大顺」,并命令众人不准落泪,最后又带着六人「气儿力顶」,打败眼泪、笑着分手!
小燕子在「十全十美面店」为众人饯行,刻意在一片离愁中制造一些开心的话题,将宴席上的十道面食,分别取了极有小燕子特色又别出心裁的名字,惹得大家哭笑不得。看到小燕子越是强忍悲伤,制造欢乐,紫薇看得好心痛,难过得夺门而出,并对随后追来的小燕子,抱头痛哭充满不舍…。
清晨,永琪牵着小燕子来到寂静的山冈,离别前两人最后的独处,即使潇洒的小燕子想打败眼泪,但是当看到永琪为她连着二夜写了七百三十封信,小燕子震惊了!看着竹篮里,每一封信都是永琪的「心有千千结」,小燕子不禁泪水再次溃堤,而七百三十封,一天只能打开一封的约定,俨然不是小燕子的安慰,却是最痛苦煎熬的折磨。
乾隆、紫薇等众人在贺家门口一一的上马上车准备回京,箫剑、晴儿、班杰明离情依依的等待送行,唯独不见小燕子。原来小燕子一直躲在墙角,抱着那装满永琪「心有千千结」的竹篮子偷偷的以泪送行。
小燕子看着渐行渐远的乾隆大队与永琪的背影,心如刀割!回到房里放下竹篮后突然一个念头闪过,小燕子奔向马厩跳上马背扬长而去,班杰明紧急带着他的小提琴也驾马追向小燕子。两人驾马来到能远眺乾隆人马的山冈上,小燕子又再次以泪洗面,无言的对着山水之遥,她深爱的人--乾隆、紫薇和永琪…说再见…。
班杰明为安慰小燕子决定教小燕子拉小提琴,尤其要她学会「四季」这首名曲,因为每一季学会一段,春夏秋冬,两轮很快就会过去的。
皇宫中的太后,正照料着令妃刚产下的十五阿哥永琰,突然皇宫一片喧闹,乾隆众人已经回宫。永和宫的愉妃、欣荣也引起骚动。当永琪活生生的站在愉妃面前时,愉妃无法置信,双手颤抖抚摸着永琪的面颊,生怕这孰悉又陌生的脸孔又像梦幻消失,直到永琪重重的跪下大喊了一声「额娘!」,愉妃才感到了真实感!