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因为她被作为诱饵引诱舒夜离开了敦煌城她怕敦煌被攻陷，而无颜面对舒夜

我觉得有这么几个可能的原因：
1沙曼华得知一度对舒夜的怨恨原来是一个巨大的误会，她一定是百感交集，那么澄澈又爱憎分明的女孩子，对舒夜的愧疚和往昔的爱慕会想藤蔓一样把她包裹起来。而当她突然明白自己作为一枚棋子已经伤了舒夜的生死之交，很可能又将毁掉舒夜十年基业，再葬送他的故土，转瞬间欣喜全无，百口莫辩，手足无措，于是选择了暂时逃避
见原文：
沙曼华忽然全身一震：如果舒夜来赴约，看到墨香被自己重伤、敦煌又落入了明教和回纥手中，他会不会……会不会觉得她是故意引他入彀？如果明教和回纥灭了敦煌，毁了他的故土、烧了他的家园——如此不共戴天之仇，他们还有什么余地、可以再度相见？
十年前、他被出卖，含冤莫白；十年后、却是她被当作棋子！命运狰狞的利爪始终紧扼这　　他们的咽喉，始终不曾给了他们半分机会！
　　她不敢再想下去，脱口惊呼起来，用手捂住了头，浑身发抖。

2沙曼华当时身受重伤，加上事实的冲击，神智不清，她的决定一半是自己放手一半是妙水规劝。看原文知道她自己其实是有话想说的，或者说有很多犹豫 原文： 顿了顿，长老沉吟着，仿佛在下某种重大的决心，嘴里却问出了这样的话：“梅霓雅下令：一旦决战完了、便要我带你回去——你还要回去么？沙曼华？”
　　虽然神智逐渐模糊，可星圣女依旧蓦然一震，微弱地挣扎着、极力摇头表示反对
沙曼华眼里蓦地闪过了一道光，嘴唇翕动了几下、却没有力气回答。神智慢慢从她身体里离去，她的眼睛却一直注视着皑皑雪山下的苍茫大漠，模糊的视线里、忽然看到山下极远处一个淡淡的影子，如风般掠来。即便是多年未见，她依然一眼认了出来。


3妙水和沙曼华都知道舒夜的为人，尤其是妙水，这个时候她更能站在冷静的角度分析：舒夜对沙曼华的感情几乎有一点执拗，如果见到恢复记忆的沙曼华，他一定不会放手。沙曼华是明教圣女，就算她放弃教籍，明教也不会善罢甘休，那么舒夜要放弃敦煌城主的地位吗？即便可以，能放下对明教的恨意并停止屠戮吗？ 更何况对于舒夜现在的境遇，二人并不十分清楚。妙水以长辈的身份关怀沙曼华，最希望的是她远离喧嚣单纯生活，如果目前舒夜不能做到，那么她带走沙曼华是相当情有可原了。不要忘记妙水在文中是一位阅经沧桑并对权势人情颇感失望的老者

4沙曼华有两重身份：真挚纯情的少女和处于明教顶端的星圣女。作为前者，对人生应该有很多向往，期待美满的生活并追寻坦荡的人性，所以她不会希望冒着又一冻结的危险在如此混乱的局势中重逢以前的恋人，而会选择暂时回避，我想即使是匆忙离开，她也一定期待着再见;作为后者，她是明智坚强的，不会让自己的感情成为舒夜此刻的又一个牵绊，应为等她深爱的恋人担起责任的正是整个敦煌或者说整个西域的安定（沧月笔下的女性都比较智慧，你们觉得不？） 原文:或者，此后干脆离开明教、跟了他去敦煌？十年前她便应该跟了他去，然而阴差阳错地、她却一箭射穿了他胸口。此后天涯相隔。如今虽然迟了十年，但以后的岁月想必还有很长吧？那是一种怎样的幸福……她每一念及、就觉得无法呼吸。
舒夜……不要来，不要来！但愿你察觉了梅霓雅的计划、并未离开敦煌！


呼！打完了
以上纯粹是个人看了大漠荒颜后太激动找不到发泄点的渣意见